PDB-2d6b: Novel Bromate Species trapped within a Protein Crystal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d6b

タイトル

Novel Bromate Species trapped within a Protein Crystal

要素

lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / bromate

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Ondracek, J. / Mesters, J.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: An ensemble of crystallographic models enables the description of novel bromate-oxoanion species trapped within a protein crystal
著者: Ondracek, J. / Mesters, J.R.

履歴

登録	2005年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2015年9月9日	Group: Version format compliance
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d6b.cif.gz	316 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d6b.ent.gz	266.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/2d6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/2d6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1helS 1hc0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6abz-d 4g49-d 3ajn-d 4mr1-d 6jxp-d 6ad5-d 1wtm-d 2g4p-d 1kxx-d 3p68-d 4wm3-d 3atn-d 4b0d-d 3a93-d 1bhz-d 5kxl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: lysozyme C

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.210, 77.210, 38.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

モデル数

10

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1040- HOH
2	1	A-1122- HOH
3	1	A-1137- HOH
4	1	A-1171- HOH
5	1	A-1218- HOH
6	1	A-1244- HOH
7	1	A-1248- HOH
8	2	A-1040- HOH
9	2	A-1120- HOH
10	2	A-1135- HOH
11	2	A-1168- HOH
12	2	A-1213- HOH
13	2	A-1238- HOH
14	2	A-1242- HOH
15	3	A-1039- HOH
16	3	A-1119- HOH
17	3	A-1134- HOH
18	3	A-1166- HOH
19	3	A-1207- HOH
20	3	A-1230- HOH
21	3	A-1234- HOH
22	4	A-1039- HOH
23	4	A-1131- HOH
24	4	A-1159- HOH
25	4	A-1200- HOH
26	4	A-1222- HOH
27	4	A-1226- HOH
28	5	A-1039- HOH
29	5	A-1131- HOH
30	5	A-1158- HOH
31	5	A-1198- HOH
32	5	A-1219- HOH
33	5	A-1223- HOH
34	5	A-1282- HOH
35	6	A-1039- HOH
36	6	A-1131- HOH
37	6	A-1157- HOH
38	6	A-1195- HOH
39	6	A-1212- HOH
40	6	A-1216- HOH
41	6	A-1261- HOH
42	7	A-1039- HOH
43	7	A-1129- HOH
44	7	A-1187- HOH
45	7	A-1203- HOH
46	7	A-1207- HOH
47	7	A-1242- HOH
48	8	A-1039- HOH
49	8	A-1129- HOH
50	8	A-1185- HOH
51	8	A-1201- HOH
52	8	A-1205- HOH
53	8	A-1238- HOH
54	9	A-1039- HOH
55	9	A-1129- HOH
56	9	A-1185- HOH
57	9	A-1201- HOH
58	9	A-1205- HOH
59	9	A-1234- HOH
60	10	A-1039- HOH
61	10	A-1129- HOH
62	10	A-1185- HOH
63	10	A-1201- HOH
64	10	A-1205- HOH
65	10	A-1233- HOH

#1: タンパク質	lysozyme C / E.C.3.2.1.17 / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lysozyme / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-202 / BROMIC ACID / 臭素酸分子量: 128.910 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: BrHO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 60421 / Num. obs: 57538 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 3.92 / Observed criterion σ(I): 1.96 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 27.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
CCP4	モデル構築
HipHop	精密化
CCP4	位相決定
SHELXL	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HEL

1hel

解像度: 1.25→8 Å / Num. parameters: 5427 / Num. restraintsaints: 4152 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Shelx
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	5770	10 %	RANDOM
R_work	0.1781	-	-	-
all	0.1886	60421	-	-
obs	0.1824	57538	95.2 %	-

Refine analyze

Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1225.17

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	29	298	1328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.034
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes	0.0311
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.094
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.088
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	0
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt	0
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt	0.048
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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