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万見
- PDB-2d5v: Crystal structure of HNF-6alpha DNA-binding domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d5v
タイトルCrystal structure of HNF-6alpha DNA-binding domain in complex with the TTR promoter
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3'
  • Hepatocyte nuclear factor 6
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic D cell differentiation / pancreatic A cell differentiation / enteroendocrine cell differentiation / type B pancreatic cell differentiation / regulation of cell-matrix adhesion / endocrine pancreas development / endoderm development / pancreas development / epithelial cell development / cilium assembly ...pancreatic D cell differentiation / pancreatic A cell differentiation / enteroendocrine cell differentiation / type B pancreatic cell differentiation / regulation of cell-matrix adhesion / endocrine pancreas development / endoderm development / pancreas development / epithelial cell development / cilium assembly / cell fate commitment / anatomical structure morphogenesis / spleen development / Notch signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / B cell differentiation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / liver development / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell migration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CUT domain / CUT domain / CUT domain profile. / CUT / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...: / CUT domain / CUT domain / CUT domain profile. / CUT / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Iyaguchi, D. / Yao, M. / Watanabe, N. / Nishihira, J. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: DNA recognition mechanism of the ONECUT homeodomain of transcription factor HNF-6
著者: Iyaguchi, D. / Yao, M. / Watanabe, N. / Nishihira, J. / Tanaka, I.
履歴
登録2005年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*A)-3'
A: Hepatocyte nuclear factor 6
B: Hepatocyte nuclear factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,74310
ポリマ－56,4416
非ポリマー3024
水3,513195
1
C: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*A)-3'
A: Hepatocyte nuclear factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2794
ポリマ－28,2203
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*A)-3'
B: Hepatocyte nuclear factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4646
ポリマ－28,2203
非ポリマー2433
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.020, 38.958, 106.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.63, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-4034-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*T)-3'


分子量: 4262.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*A)-3'


分子量: 4293.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 6 / HNF-6 / One cut domain family member 1


分子量: 19663.764 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P70512

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非ポリマー , 3種, 199分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 1,6-hexanediol, sodium acetate, cobalt chloride, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
11,6-hexanediol11
2sodium acetate11
3cobalt chloride11
4H2O11
5sodium acetate12
6cobalt chloride12
7H2O12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97799 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 39355 / Num. obs: 39224 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→10 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.269 3865 RANDOM
Rwork0.245 --
all0.247 38810 -
obs0.247 34945 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 1072 20 195 3551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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