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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d58 | ||||||
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タイトル | Human microglia-specific protein Iba1 | ||||||
要素 | Allograft inflammatory factor 1 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / EF-hand | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / parallel actin filament bundle assembly / positive regulation of fibroblast growth factor production / actin crosslink formation / ruffle assembly / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / phagocytosis, engulfment ...negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / parallel actin filament bundle assembly / positive regulation of fibroblast growth factor production / actin crosslink formation / ruffle assembly / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of monocyte chemotaxis / phagocytosis, engulfment / Rac protein signal transduction / actin filament bundle assembly / glial cell projection / phagocytic cup / positive regulation of T cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / ruffle / actin filament polymerization / actin filament / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / actin filament binding / lamellipodium / cellular response to oxidative stress / regulation of gene expression / positive regulation of cell migration / inflammatory response / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: X-ray Structures of the Microglia/Macrophage-specific Protein Iba1 from Human and Mouse Demonstrate Novel Molecular Conformation Change Induced by Calcium binding 著者: Yamada, M. / Ohsawa, K. / Imai, Y. / Kohsaka, S. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d58.cif.gz | 36.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d58.ent.gz | 24.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d58_validation.pdf.gz | 427.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d58_full_validation.pdf.gz | 428.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d58_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d58_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/2d58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/2d58 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12338.285 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55008 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 10% (w/v) 2-propanol, 0.01M NiCl2 in 100mM of Tris-HCl (pH 7.3), VAPOR DIFFUSION, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月28日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→31.24 Å / Num. all: 7462 / Num. obs: 7462 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / % possible all: 90.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→31.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 116478.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6003 Å2 / ksol: 0.350076 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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