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- PDB-2d46: Solution Structure of the Human Beta4a-A Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d46
タイトルSolution Structure of the Human Beta4a-A Domain
要素calcium channel, voltage-dependent, beta 4 subunit isoform a
キーワードMETAL TRANSPORT / Ca2+ channel / beta4a subunit / alternative spliving / membrane-associated guanylate-kinase / protein structure
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / regulation of voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of protein localization to nucleolus / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / gamma-aminobutyric acid secretion / detection of light stimulus involved in visual perception / cAMP metabolic process / Peyer's patch development / NCAM1 interactions / muscle cell development ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / regulation of voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of protein localization to nucleolus / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / gamma-aminobutyric acid secretion / detection of light stimulus involved in visual perception / cAMP metabolic process / Peyer's patch development / NCAM1 interactions / muscle cell development / neuronal action potential propagation / adult walking behavior / voltage-gated calcium channel complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neuromuscular junction development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spleen development / cellular response to leukemia inhibitory factor / thymus development / synaptic transmission, glutamatergic / cytoplasmic side of plasma membrane / calcium ion transport / presynapse / T cell receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / synapse / protein kinase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ybab; Chain: A; - #30 / Ybab; Chain: A; / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...Ybab; Chain: A; - #30 / Ybab; Chain: A; / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Vendel, A.C. / Rithner, C.D. / Lyons, B.A. / Horne, W.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of the N-terminal A domain of the human voltage-gated Ca2+channel beta4a subunit
著者: Vendel, A.C. / Rithner, C.D. / Lyons, B.A. / Horne, W.A.
履歴
登録2005年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: calcium channel, voltage-dependent, beta 4 subunit isoform a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8771
ポリマ－6,8771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 15structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 calcium channel, voltage-dependent, beta 4 subunit isoform a / calcium channel beta4a subunit


分子量: 6877.298 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal A domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: human cerebellum, presynaptic / 遺伝子: CACNB4 / プラスミド: pET-15b:b4a-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O00305

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
1412D TOCSY
1512D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopic techniques.

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試料調製

詳細内容: 3mM beta4a A domain, uniformly 15N and 13C labeled; 50mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.1mM NaN3
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 277 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe4.1Delaglio, F.解析
NMRView5.0.4Johnson, B.データ解析
ANSIGAnsig for WindowsHelgstrandデータ解析
CNS1.1Brunger, T.構造決定
CNS1.1Brunger, T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1213 structural restraints were used to calculate determine the final 15 representative solution structures of the beta4a A domain. 963 NOE derived distance constraints were ...詳細: A total of 1213 structural restraints were used to calculate determine the final 15 representative solution structures of the beta4a A domain. 963 NOE derived distance constraints were utilized in the calculation, of which 472 were intra-residue, 196 sequential, 87 medium-range (4<|i-j|>1) and 208 long-range (|i-j|≥4), providing for an average total of 15.8 NOE constraints/residue.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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