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万見
- PDB-2d3d: crystal structure of the RNA binding SAM domain of saccharomyces ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d3d
タイトルcrystal structure of the RNA binding SAM domain of saccharomyces cerevisiae Vts1
要素Vts1 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA binding / SAM domain / SRE hairpin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of DNA metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / protein transport / mRNA binding / nucleotide binding / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
VTS1, SAM domain / : / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA-binding protein VTS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Aviv, T. / Amborski, A.N. / Zhao, X.S. / Kwan, J.J. / Johnson, P.E. / Sicheri, F. / Donaldson, L.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The NMR and X-ray Structures of the Saccharomyces cerevisiae Vts1 SAM Domain Define a Surface for the Recognition of RNA Hairpins
著者: Aviv, T. / Amborski, A.N. / Zhao, X.S. / Kwan, J.J. / Johnson, P.E. / Sicheri, F. / Donaldson, L.W.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: The RNA-binding SAM domain of Smaug defines a new family of post-transcriptional regulators
著者: Aviv, T. / Lin, Z. / Lau, S. / Rendl, L.M. / Sicheri, F. / Smibert, C.A.
履歴
登録2005年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vts1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1202
ポリマ－10,0801
非ポリマー401
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.38, 27.89, 99.91
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vts1 protein


分子量: 10079.785 Da / 分子数: 1 / 断片: minimal RNA binding fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Vts1 / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 6324935, UniProt: Q08831*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, ammonium chloride, calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.6 Å / Num. all: 10544 / Num. obs: 9742 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 960 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→26.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.351 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25571 471 4.8 %RANDOM
Rwork0.20575 ---
all0.20811 13063 --
obs0.20811 9721 92.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数681 0 1 73 755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3342.01940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.779584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66822.96327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90315139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.44155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0881.5426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5822674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5553307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7394.5265
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.2693733
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.706374
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.5873681
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.622 35 -
Rwork0.45 668 -
obs--95.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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