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万見
- PDB-2d2z: Crystal structure of Soluble Form Of CLIC4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d2z
タイトルCrystal structure of Soluble Form Of CLIC4
要素Chloride intracellular channel protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Soluble Form / CLIC4
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / endothelial cell morphogenesis / vacuolar acidification / fertilization / chloride transport / chloride channel activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / regulation of cytoskeleton organization ...establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / endothelial cell morphogenesis / vacuolar acidification / fertilization / chloride transport / chloride channel activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / regulation of cytoskeleton organization / microvillus / chloride channel complex / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / negative regulation of cell migration / cytoplasmic vesicle membrane / multicellular organism growth / nuclear matrix / cell-cell junction / actin cytoskeleton / apical part of cell / midbody / angiogenesis / cell differentiation / oxidoreductase activity / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, Y.F. / Li, D.F. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Trimeric structure of the wild soluble chloride intracellular ion channel CLIC4 observed in crystals
著者: Li, Y.F. / Li, D.F. / Zeng, Z.H. / Wang, D.C.
履歴
登録2005年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 4
B: Chloride intracellular channel protein 4
C: Chloride intracellular channel protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6413
ポリマ－89,6413
非ポリマー00
水13,763764
1
A: Chloride intracellular channel protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8801
ポリマ－29,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chloride intracellular channel protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8801
ポリマ－29,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chloride intracellular channel protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8801
ポリマ－29,8801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.190, 86.050, 73.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 4 / Intracellular chloride ion channel protein p64H1


分子量: 29880.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET 22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y696
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, ethanol, Magnesium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月2日
放射モノクロメーター: con-focus / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.49 Å / Num. obs: 43497 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 17.7 / Num. unique all: 6195 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
crystalclearデータ収集
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→23.49 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 4285 -random
Rwork0.216 ---
obs0.216 42522 99.7 %-
all-42641 --
原子変位パラメータBiso mean: 38.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5474 0 0 764 6238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 717 -
Rwork0.313 --
obs-6319 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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