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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d1c | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of TT0538 protein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Isocitrate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Of TT0538 protein from Thermus thermophilus HB8 著者: Lokanath, N.K. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54507.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: NH2SO4, PEG 4000, pH 5.6, MICROBATCH, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 92458 / Num. obs: 92029 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.3257 Å2 / ksol: 0.318107 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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