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- PDB-2d0v: Crystal structure of methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d0v
タイトルCrystal structure of methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans
要素
  • methanol dehydrogenase large subunit
  • methanol dehydrogenase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron transfer / calcium binding / methanol / PQQ
機能・相同性
機能・相同性情報


methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family ...Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / Methanol dehydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Nojiri, M. / Hira, D. / Yamaguchi, K. / Suzuki, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of cytochrome c(L) and methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans: structural and mechanistic insights into interactions between the two proteins
著者: Nojiri, M. / Hira, D. / Yamaguchi, K. / Okajima, T. / Tanizawa, K. / Suzuki, S.
履歴
登録2005年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methanol dehydrogenase large subunit
B: methanol dehydrogenase small subunit
D: methanol dehydrogenase large subunit
E: methanol dehydrogenase small subunit
I: methanol dehydrogenase large subunit
J: methanol dehydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,75512
ポリマ－223,6446
非ポリマー1,1116
水13,097727
1
A: methanol dehydrogenase large subunit
B: methanol dehydrogenase small subunit
ヘテロ分子

A: methanol dehydrogenase large subunit
B: methanol dehydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,8378
ポリマ－149,0964
非ポリマー7414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
2
D: methanol dehydrogenase large subunit
E: methanol dehydrogenase small subunit
I: methanol dehydrogenase large subunit
J: methanol dehydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,8378
ポリマ－149,0964
非ポリマー7414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13610 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area39630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)291.320, 63.999, 109.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1028-

HOH

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要素

#1: タンパク質 methanol dehydrogenase large subunit


分子量: 66173.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
株: A3151 / 参照: UniProt: Q4AE26, EC: 1.1.99.8
#2: タンパク質 methanol dehydrogenase small subunit


分子量: 8374.417 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
株: A3151 / 参照: UniProt: Q4AE23, EC: 1.1.99.8
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, potassium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月19日
放射モノクロメーター: double crystals Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→44.6 Å / Num. all: 68299 / Num. obs: 68299 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→44.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 10.094 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24687 6898 10.1 %RANDOM
Rwork0.14863 ---
all0.192 68299 --
obs0.15854 61400 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.34 Å20 Å2-0.97 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15689 0 75 727 16491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02116230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3281.93722065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.10551991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.06624.828783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.191152544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4561557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.22223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.28447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.210807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0570.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.510137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.874215784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.01437471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4284.56281
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.493→2.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 472 -
Rwork0.195 4325 -
obs--95.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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