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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d05 | ||||||
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タイトル | Chitosanase From Bacillus circulans mutant K218P | ||||||
要素 | Chitosanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CHITOSAN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Fukamizo, T. / Amano, S. / Yamaguchi, K. / Yoshikawa, T. / Katsumi, T. / Saito, J. / Suzuki, M. / Miki, K. / Nagata, Y. / Ando, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2005 タイトル: Bacillus circulans MH-K1 Chitosanase: Amino Acid Residues Responsible for Substrate Binding 著者: Fukamizo, T. / Amano, S. / Yamaguchi, K. / Yoshikawa, T. / Katsumi, T. / Saito, J. / Suzuki, M. / Miki, K. / Nagata, Y. / Ando, A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of chitosanase from Bacillus circulans MH-K1 at 1.6-A resolution and its substrate recognition mechanism 著者: Saito, J. / Kita, A. / Higuchi, Y. / Nagata, Y. / Ando, A. / Miki, K. #2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1995 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of chitosanase from Bacillus circulans MH-K1 著者: Saito, J.I. / Nagata, Y. / Ando, A. / Kita, A. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d05.cif.gz | 63 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d05.ent.gz | 49.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d05.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d05_validation.pdf.gz | 374.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d05_full_validation.pdf.gz | 375.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d05_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d05_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/2d05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/2d05 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28955.352 Da / 分子数: 1 / 変異: K218P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 株: MH-K1 / 発現宿主: Brevibacillus choshinensis (バクテリア) / 株 (発現宿主): HPD31 / 参照: UniProt: P33673, chitosanase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Ammonium sulfate, Tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. all: 19983 / Num. obs: 19983 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 79.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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