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万見
- PDB-2czv: Crystal structure of archeal RNase P protein ph1481p in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czv
タイトルCrystal structure of archeal RNase P protein ph1481p in complex with ph1877p
要素
  • Ribonuclease P protein component 2
  • Ribonuclease P protein component 3
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease / RNA binding protein / RNA recognition motif / Protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P, Pop5 subunit / Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / Ribonuclease P, protein component 3, archaeal / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / RNase P subunit p30 / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases ...Ribonuclease P, Pop5 subunit / Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / Ribonuclease P, protein component 3, archaeal / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / RNase P subunit p30 / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Ribonuclease P protein component 2 / Ribonuclease P protein component 3
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kawano, S. / Kakuta, Y. / Nakashima, T. / Tanaka, I. / Kimura, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of protein Ph1481p in complex with protein Ph1877p of archaeal RNase P from Pyrococcus horikoshii OT3: implication of dimer formation of the holoenzyme
著者: Kawano, S. / Nakashima, T. / Kakuta, Y. / Tanaka, I. / Kimura, M.
履歴
登録2005年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component 3
B: Ribonuclease P protein component 3
C: Ribonuclease P protein component 2
D: Ribonuclease P protein component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,11922
ポリマ－77,5744
非ポリマー1,54618
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.332, 76.118, 151.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease P protein component 3 / RNase P component 3


分子量: 24734.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1877 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 condonplus (DE3) RIL / 参照: UniProt: O59543, ribonuclease P
#2: タンパク質 Ribonuclease P protein component 2 / RNase P component 2


分子量: 14052.642 Da / 分子数: 2 / Mutation: C72S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1481 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonplus (DE3) RIL / 参照: UniProt: O59150, ribonuclease P
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, magnesium acetate, n-octly b-glucoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.929, 0.9
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年11月24日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年11月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.9291
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 49669 / Num. obs: 49669 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique all: 4799 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→48.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 161950.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 4883 10.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 48368 96.3 %-
all-49603 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1803 Å2 / ksol: 0.33444 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.99 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3---3.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5345 0 40 384 5769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 725 9.8 %
Rwork0.243 6688 -
obs-6688 90 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3bog.parambog.top
X-RAY DIFFRACTION4acy.paramacy.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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