[日本語] English
万見
- PDB-2czq: A novel cutinase-like protein from Cryptococcus sp. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czq
タイトルA novel cutinase-like protein from Cryptococcus sp.
要素cutinase-like protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Cutinase-like enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus sp. (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Masaki, K. / Kamini, N.R. / Ikeda, H. / Iefuji, H. / Kondo, H. / Suzuki, M. / Tsuda, S.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure and enhanced activity of a cutinase-like enzyme from Cryptococcus sp. strain S-2
著者: Kodama, Y. / Masaki, K. / Kondo, H. / Suzuki, M. / Tsuda, S. / Nagura, T. / Shimba, N. / Suzuki, E. / Iefuji, H.
#1: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: Cutinase-like enzyme from the yeast Cryptococcus sp. strain S-2 hydrolyzes polylactic acid and other biodegradable plastics
著者: Masaki, K. / Kamini, N.R. / Ikeda, H. / Iefuji, H.
#2: ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2012
タイトル: Construction of a new recombinant protein expression system in the basidiomycetous yeast Cryptococcus sp. strain S-2 and enhancement of the production of a cutinase-like enzyme
著者: Masaki, K. / Tsuchioka, H. / Hirano, T. / Kato, M. / Ikeda, H. / Iefuji, H.
履歴
登録2005年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年6月13日Group: Database references
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cutinase-like protein
B: cutinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3686
ポリマ－41,8602
非ポリマー5084
水7,386410
1
A: cutinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1843
ポリマ－20,9301
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cutinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1843
ポリマ－20,9301
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.478, 82.807, 123.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 cutinase-like protein


分子量: 20930.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryptococcus sp. (菌類) / 株: S-2
参照: UniProt: Q874E9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.10541 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.579067 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 1.3-1.6M Sodium citrate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A10.978
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21.0717, 1.0723, 0.9779
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2002年5月27日Mirror-Monochromator
ADSC QUANTUM 42CCD2002年5月27日Mirror-Monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mirror-Monochromator Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mirror-Monochromator Si(111)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
21.07171
31.07231
40.97791
反射解像度: 1.05→23 Å / Num. all: 157936 / Num. obs: 157936 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 5.364 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 19883 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15716 15686 9.9 %RANDOM
Rwork0.14746 ---
all0.14843 142150 --
obs0.14843 142150 95.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 34 410 3382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1671.944216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6035410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0760.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.52028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87823249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15731067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7344.5964
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.50223095
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.5182410
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.32123041
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.261 972
Rwork0.247 8719

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る