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万見
- PDB-2czp: Structural analysis of membrane-bound mastoparan-X by solid-state NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czp
タイトルStructural analysis of membrane-bound mastoparan-X by solid-state NMR
要素Mastoparan X
キーワードTOXIN / MASTOPARAN X / MP-X / membrane bound / Mast cell degranulation / Venom / Amidation
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Mastoparan / Mastoparan protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vespa simillima xanthoptera (キイロスズメバチ)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Todokoro, Y. / Fujiwara, T. / Yumen, I. / Fukushima, K. / Kang, S.-W. / Park, J.-S. / Kohno, T. / Wakamatsu, K. / Akutsu, H.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2006
タイトル: Structure of tightly membrane-bound mastoparan-x, a g-protein-activating Peptide, determined by solid-state NMR.
著者: Todokoro, Y. / Yumen, I. / Fukushima, K. / Kang, S.-W. / Park, J.-S. / Kohno, T. / Wakamatsu, K. / Akutsu, H. / Fujiwara, T.
履歴
登録2005年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mastoparan X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5581
ポリマ－1,5581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Mastoparan X / MP-X


分子量: 1557.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vespa simillima xanthoptera (キイロスズメバチ)
生物種: Vespa simillima / 株: xanthoptera / プラスミド: pUBK19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P01515
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D N-CA-CO
1213D Ni-COi+1-CAi+1
1312D RFDR
1412D SPCz5
2512D (CACB)i+1-(COCA)i
2612D Ni-(COCA)i+1
2712D N-CA
1812D Ni-(COCACB)i+1
292RR
1103REDOR
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance 1H/13C/15N and double-resonance 1H/13C probes with 4mm and 3.2mm spinner modules.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mg or 5mg uniformly 13C, 15N labeled MP-X bound to membrane: Molar ratio MP-X:membrane=1:20membrane DPPC:DPPG=4:1 relative humidity 32%
22mg selectively 13C labeled MP-X bound to membrane: Molar ratio MP-X:membrane=1:20membrane DPPC:DPPG=4:1 relative humidity 32%
32mg selectively 13C, 15N labeled MP-X bound to membrane: Molar ratio MP-X:membrane=1:20membrane DPPC:DPPG=4:1 relative humidity 32%
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17.4ambient 253 K
27.4ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian CMXVarianCMX5001
Varian CMXVarianCMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000Accelrys Inc.解析
CYANA1.0.6Guentert構造決定
TALOS2003.027.13.05Delaglioデータ解析
CYANA1.0.6Guentert精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 31 restraints, 5 distance restraints derived by RR and REDOR experiments and 26 dihedral angle restraints predicted by TALOS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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