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万見
- PDB-2czo: Solution Structure of the PX Domain of Bem1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czo
タイトルSolution Structure of the PX Domain of Bem1p
要素Bud emergence protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PX DOMAIN / BEM1P / PHOSPHOINOSITIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / conjugation with cellular fusion / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / site of polarized growth / PAR polarity complex / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / maintenance of protein location ...positive regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / conjugation with cellular fusion / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / site of polarized growth / PAR polarity complex / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / maintenance of protein location / cellular bud neck / regulation of Rho protein signal transduction / mating projection tip / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / cytoskeleton / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / : / Phox-like domain / PX Domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. ...Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / : / Phox-like domain / PX Domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bud emergence protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Maeda, A. / Ogura, K. / Horiuchi, M. / Kumeta, H. / Fujioka, Y. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the PX domain of Bem1p
著者: Maeda, A. / Ogura, K. / Horiuchi, M. / Kumeta, H. / Fujioka, Y. / Inagaki, F.
履歴
登録2005年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bud emergence protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8051
ポリマ－17,8051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bud emergence protein 1 / Bem1 Protein


分子量: 17805.174 Da / 分子数: 1 / 断片: PX DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BEM1 / プラスミド: pGEX6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P29366

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4mM Bem1p PX domain U-15N, 13C; 20mM MES buffer; 200mM NaCl90% H2O/10% D2O
20.4mM Bem1p PX domain U-15N; 20mM MES buffer; 200mM NaCl90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 200mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cWelchcollection
NMRPipe23Delaglio解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
PACES1Zhouデータ解析
CYANA2Guntert構造決定
CYANA2Guntert精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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