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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cxa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Leucyl/phenylalanyl-tRNA protein transferase from Escherichia coli | ||||||
要素 | Leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / aminoacyl-tRNA (アミノアシルtRNA) / protein degradation (タンパク質分解) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine/arginine leucyltransferase / leucyl-tRNA--protein transferase activity / aminoacyltransferase activity / protein catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kato-Murayama, M. / Bessho, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: The crystal structure of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase from Escherichia coli 著者: Dong, X. / Kato-Murayama, M. / Muramatsu, T. / Mori, H. / Shirouzu, M. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cxa.cif.gz | 62.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cxa.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/2cxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/2cxa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29548.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8P1, lysine/arginine leucyltransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.874262 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.374184 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG3350, NaCl, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9797, 0.9795, 0.9680 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月18日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double flat Si(111) crystals / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→36.86 Å / Num. obs: 28862 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→36.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1007566.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.8448 Å2 / ksol: 0.380198 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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