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- PDB-2cww: Crystal structure of Thermus thermophilus TTHA1280, a putative SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cww
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus TTHA1280, a putative SAM-dependent RNA methyltransferase, in complex with S-adenosyl-L-homocysteine
要素putative SAM-dependent RNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural genomics / SAM-dependent RNA methyltransferase / S-adenosyl-L-homocysteine / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (cytosine1962-C5)-methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RlmI, PUA-like domain / PUA-like domain / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Transcription Regulator spoIIAA / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily ...RlmI, PUA-like domain / PUA-like domain / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Transcription Regulator spoIIAA / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase I
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pioszak, A.A. / Murayama, K. / Nakagawa, N. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Structures of a putative RNA 5-methyluridine methyltransferase, Thermus thermophilus TTHA1280, and its complex with S-adenosyl-L-homocysteine.
著者: Pioszak, A.A. / Murayama, K. / Nakagawa, N. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2005年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative SAM-dependent RNA methyltransferase
B: putative SAM-dependent RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0526
ポリマ－86,1312
非ポリマー9214
水57632
1
A: putative SAM-dependent RNA methyltransferase
ヘテロ分子

A: putative SAM-dependent RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2048
ポリマ－86,1312
非ポリマー1,0736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
2
B: putative SAM-dependent RNA methyltransferase
ヘテロ分子

B: putative SAM-dependent RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8994
ポリマ－86,1312
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.805, 46.065, 134.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 putative SAM-dependent RNA methyltransferase / hypothetical protein TTHA1280


分子量: 43065.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA1280 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q5SIT4
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PPG P400, NaAcetate, 1,6 Hexanediol, L-cysteine, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 24665 / Num. obs: 24665 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 59.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WXX, chain B

1wxx


解像度: 2.6→43.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 813672.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1146 4.8 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.302 23751 --
obs0.258 23751 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.3077 Å2 / ksol: 0.328189 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.06 Å20 Å210.24 Å2
2--6.81 Å20 Å2
3----3.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6041 0 62 32 6135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 106 5.2 %
Rwork0.418 1951 -
obs--83.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3acy.paramacy.top
X-RAY DIFFRACTION4gol.paramgol.top
X-RAY DIFFRACTION5sah_mod.paramsah.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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