[日本語] English
万見
- PDB-2cw0: Crystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase holoenzy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cw0
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase holoenzyme at 3.3 angstroms resolution
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (RNA polymerase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / RNA polymerase holoenzyme / transcription / bent-bridge helix
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 ...Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark Jr., A.D. ...Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark Jr., A.D. / Dharia, C. / Napoli, A. / Laptenko, O. / Lee, J. / Borukhov, S. / Ebright, R.H. / Arnold, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Inhibition of bacterial RNA polymerase by streptolydigin: stabilization of a straight-bridge-helix active-center conformation
著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark Jr., A.D. / Dharia, C. / Napoli, A. / Laptenko, O. / ...著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark Jr., A.D. / Dharia, C. / Napoli, A. / Laptenko, O. / Lee, J. / Borukhov, S. / Ebright, R.H. / Arnold, E.
履歴
登録2005年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年9月5日Group: Refinement description
改定 1.42019年12月4日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: RNA polymerase omega chain
F: RNA polymerase sigma factor rpoD
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
O: RNA polymerase omega chain
P: RNA polymerase sigma factor rpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)853,58118
ポリマ－853,27112
非ポリマー3106
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: RNA polymerase omega chain
F: RNA polymerase sigma factor rpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,7919
ポリマ－426,6356
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43720 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area148220 Å2
手法PISA
2
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
O: RNA polymerase omega chain
P: RNA polymerase sigma factor rpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,7919
ポリマ－426,6356
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)236.150, 236.150, 249.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 8分子 ABKLCMDN

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase alpha chain / DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit alpha / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha ...DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit alpha / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase alpha subunit


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta chain / DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit Beta / RNAP beta subunit / Transcriptase beta chain ...DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit Beta / RNAP beta subunit / Transcriptase beta chain / RNA polymerase beta subunit


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta' chain / DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit Beta-prime / RNAP beta' subunit / Transcriptase ...DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit Beta-prime / RNAP beta' subunit / Transcriptase beta' chain / RNA polymerase beta' subunit


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase

-
RNA polymerase ... , 2種, 4分子 EOFP

#4: タンパク質 RNA polymerase omega chain / DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit Omega


分子量: 11521.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor rpoD / DNA directed RNA polymerase holoenzyme subunit Sigma


分子量: 48568.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q5SKW1, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.85
詳細: 33mM magnesium formate over a reservoir of 33mM magnesium formate, 30mM sodium citrate, pH 5.85, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 115975 / Num. obs: 115975 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -1 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 8.16
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IW7

1iw7


解像度: 3.3→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (-H,-K,L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.5. THE CRYSTALS HAVE THE SYMMETRY OF SPACE GROUP P32 WITH PERFECT (50%) HEMIHEDRAL ...詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (-H,-K,L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.5. THE CRYSTALS HAVE THE SYMMETRY OF SPACE GROUP P32 WITH PERFECT (50%) HEMIHEDRAL TWINNING AND TWINNING OPERATOR (-H, -K, L), LEADING TO APPARENT HEXAGONAL (P6/M) INTENSITY SYMMETRY. PROCESSING AND SCALING WERE CARRIED OUT IN P65 FOLLOWED BY EXPANSION TO P32 FOR STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 1953 -random
Rwork0.282 ---
all-196849 --
obs-196849 84.1 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53956 0 6 0 53962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d60
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る