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万見
- PDB-2ct9: The crystal structure of calcineurin B homologous proein 1 (CHP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ct9
タイトルThe crystal structure of calcineurin B homologous proein 1 (CHP1)
要素Calcium-binding protein p22
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Hyaluronan degradation / negative regulation of phosphatase activity / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / vesicle targeting / positive regulation of protein glycosylation / membrane docking / positive regulation of protein transport / transporter complex / negative regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process ...Hyaluronan degradation / negative regulation of phosphatase activity / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / vesicle targeting / positive regulation of protein glycosylation / membrane docking / positive regulation of protein transport / transporter complex / negative regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / sodium:proton antiporter activity / vesicle fusion / microtubule bundle formation / membrane organization / cellular response to acidic pH / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of protein import into nucleus / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein kinase inhibitor activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein complex oligomerization / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein targeting to membrane / transport vesicle / negative regulation of protein kinase activity / cytoplasmic microtubule organization / negative regulation of protein ubiquitination / protein export from nucleus / regulation of intracellular pH / kinase binding / calcium-dependent protein binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / membrane fusion / protein stabilization / membrane raft / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcineurin B homologous protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naoe, Y. / Arita, K. / Hashimoto, H. / Kanazawa, H. / Sato, M. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural characterization of calcineurin B homologous protein 1
著者: Naoe, Y. / Arita, K. / Hashimoto, H. / Kanazawa, H. / Sato, M. / Shimizu, T.
履歴
登録2005年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein p22
B: Calcium-binding protein p22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1406
ポリマ－47,9802
非ポリマー1604
水2,756153
1
A: Calcium-binding protein p22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0703
ポリマ－23,9901
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium-binding protein p22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0703
ポリマ－23,9901
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.55, 38.53, 89.95
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding protein p22 / Calcineurin B homologous protein 1 / Calcium-binding protein CHP / Calcineurin homologous protein


分子量: 23989.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P61023
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG3350, Lithium Chloride, Calcium Chloride, CAPSO, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.34045, 1.34095, 1.32312, 1.37000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.340451
21.340951
31.323121
41.371
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 19936 / Num. obs: 19708 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1920 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 16.275 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26753 1004 5.1 %RANDOM
Rwork0.21582 ---
all0.21855 19708 --
obs0.21855 19499 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20.17 Å2
2--2.06 Å20 Å2
3----2.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.253 Å0.376 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 0 4 153 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9654232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83536675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6225379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17224.205176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65115595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5921531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.23068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1220.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.51971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1581.5780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41723063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96931296
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1584.51169
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 73 -
Rwork0.22 1371 -
obs--97.24 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.7461 Å / Origin y: 25.5775 Å / Origin z: 65.5817 Å
111213212223313233
T-0.0567 Å2-0.0157 Å20.0022 Å2--0.0789 Å2-0.0247 Å2---0.0304 Å2
L0.3739 °2-0.1474 °20.0626 °2-0.2162 °2-0.069 °2--0.4572 °2
S-0.0163 Å °0.029 Å °0.0538 Å °0.0155 Å °0.0028 Å °-0.0002 Å °-0.0188 Å °0.0492 Å °0.0135 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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