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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2csl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TTHA0137 from Thermus Thermophilus HB8 | ||||||
![]() | protein translation initiation inhibitor | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Jin, Z. / Chrzas, J. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. ...Wang, H. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Jin, Z. / Chrzas, J. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of TTHA0137 from Thermus Thermophilus HB8 著者: Wang, H. / Murayama, K. / Terada, T. / Chen, L. / Jin, Z. / Chrzas, J. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13297.769 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Ammonium Sulfate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月23日 |
放射 | モノクロメーター: SINGLE WAVELENGTH / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 49920 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4881 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8723 Å2 / ksol: 0.3348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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