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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2csk | ||||||
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タイトル | Solution structure of PX domain from human SNX12 | ||||||
要素 | Sorting nexin 12 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / SNX12 / PX domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of early endosome to late endosome transport / late endosome to Golgi transport / negative regulation of protein transport / retromer complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / negative regulation of protein processing / regulation of intracellular protein transport / regulation of endocytosis / phosphatidylinositol binding ...negative regulation of early endosome to late endosome transport / late endosome to Golgi transport / negative regulation of protein transport / retromer complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / negative regulation of protein processing / regulation of intracellular protein transport / regulation of endocytosis / phosphatidylinositol binding / negative regulation of protein catabolic process / protein transport / early endosome membrane / early endosome / negative regulation of gene expression / enzyme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Suetake, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of PX domain from human SNX12 著者: Suetake, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2csk.cif.gz | 909.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2csk.ent.gz | 761.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2csk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2csk_validation.pdf.gz | 345.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2csk_full_validation.pdf.gz | 509.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2csk_validation.xml.gz | 65.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2csk_validation.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/2csk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/2csk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16714.924 Da / 分子数: 1 / 断片: PX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: SNX12 / プラスミド: P040308-51 / 参照: UniProt: Q9UMY4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.54mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d10-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violation, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |