[日本語] English
万見
- PDB-2csa: Structure of the M3 Muscarinic Acetylcholine Receptor Basolateral... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2csa
タイトルStructure of the M3 Muscarinic Acetylcholine Receptor Basolateral Sorting Signal
要素Muscarinic acetylcholine receptor M3
キーワードSignaling Protein/MEMBRANE PROTEIN / BASOLATERAL SORTING-SIGNAL BLSS BETA-TURN / Signaling Protein-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / : / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Acetylcholine regulates insulin secretion / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of smooth muscle contraction / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity ...saliva secretion / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / : / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Acetylcholine regulates insulin secretion / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of smooth muscle contraction / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / acetylcholine binding / acetylcholine receptor signaling pathway / ligand-gated ion channel signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / smooth muscle contraction / basal plasma membrane / calcium-mediated signaling / protein modification process / positive regulation of insulin secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / nervous system development / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscarinic acetylcholine receptor M3
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Distance Geometry, Simulated Annealing, Energy minimization
データ登録者Iverson, H.A. / Fox, D. / Nadler, L.S. / Klevit, R.E. / Nathanson, N.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Identification and structural determination of the M3 muscarinic acetylcholine receptor basolateral sorting signal.
著者: Iverson, H.A. / Fox, D. / Nadler, L.S. / Klevit, R.E. / Nathanson, N.M.
履歴
登録2005年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9951
ポリマ－1,9951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Muscarinic acetylcholine receptor M3


分子量: 1995.024 Da / 分子数: 1 / 断片: THIRD INTRACELLULAR LOOP (Residues:271-289) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P20309

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1222D TOCSY
1312D NOESY
2412D NOESY
3512D NOESY
4612D NOESY
5712D NOESY
6812D NOESY
191DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: NOESY spectra were collected with a mixing time of 300ms

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2mM M3 peptide, unlabeled, 50mM sodium phosphate buffer, 1mM EDTA, 1mM NaN3, 90% H2O, 10% D2090% H2O, 10% D20
21-2mM M3 peptide, unlabeled, 50mM sodium phosphate buffer, 1mM EDTA, 1mM NaN3, 99.9 % D20, 0.1% H2099.9 % D20, 0.1% H20
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.4ambient 285 K
26.4ambient 278 K
36.4ambient 288 K
46.4ambient 298 K
56.4ambient 308 K
66.4ambient 318 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipeDelaglio解析
NMRView5Delaglioデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: Distance Geometry, Simulated Annealing, Energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on a total of 58 inter-residue NOE distance restraints and 5 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る