PDB-2cra: Solution structure of the homeobox domain of human homeo box B13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cra

タイトル

Solution structure of the homeobox domain of human homeo box B13

要素

Homeobox protein Hox-B13

キーワード

GENE REGULATION / DNA-binding / Transcription regulation / helix-turn-helix / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / response to testosterone / epidermis development / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR

データ登録者

Seimiya, K. / Hayashi, F. / Nagashima, T. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the homeobox domain of human homeo box B13
著者: Seimiya, K. / Hayashi, F. / Nagashima, T. / Yoshida, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cra.cif.gz	443.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cra.ent.gz	373.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cra_validation.pdf.gz	340.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cra_full_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示
XML形式データ	2cra_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	2cra_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2cra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2cra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2m85-d 5up1-d 1v32-d 2m8e-d 2hoa-d 6rva-d 6jk1-1 3kbl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001001085.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Homeobox protein Hox-B13

7.99 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Homeobox protein Hox-B13 分子量: 7991.122 Da / 分子数: 1 / 断片: homeobox (residues 1-70) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: HOXB13 / プラスミド: P040607-07 / 参照: UniProt: Q92826

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.06mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2	Guntert, P.	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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