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万見
- PDB-2cps: SOLUTION NMR STRUCTURES OF THE MAJOR COAT PROTEIN OF FILAMENTOUS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cps
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURES OF THE MAJOR COAT PROTEIN OF FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE M13 SOLUBILIZED IN SODIUM DODECYL SULPHATE MICELLES, 25 LOWEST ENERGY STRUCTURES
要素M13 MAJOR COAT PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / MAJOR COAT PROTEIN / BACTERIOPHAGE M13 / ASSEMBLY / MICELLE / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #80 / Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, THIS VERSION OF X-PLOR WAS EXTENDED FOR FLOATING CHIRALITY
データ登録者Papavoine, C.H.M. / Christiaans, B.E.C. / Folmer, R.H.A. / Konings, R.N.H. / Hilbers, C.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the M13 major coat protein in detergent micelles: a basis for a model of phage assembly involving specific residues.
著者: Papavoine, C.H. / Christiaans, B.E. / Folmer, R.H. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Backbone Dynamics of the Major Coat Protein of Bacteriophage M13 in Detergent Micelles by 15N Nuclear Magnetic Resonance Relaxation Measurements Using the Model-Free Approach and ...タイトル: Backbone Dynamics of the Major Coat Protein of Bacteriophage M13 in Detergent Micelles by 15N Nuclear Magnetic Resonance Relaxation Measurements Using the Model-Free Approach and Reduced Spectral Density Mapping
著者: Papavoine, C.H. / Remerowski, M.L. / Horstink, L.M. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W. / Van De Ven, F.J.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: NMR Studies of the Major Coat Protein of Bacteriophage M13. Structural Information of Gviiip in Dodecylphosphocholine Micelles
著者: Papavoine, C.H. / Aelen, J.M. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W. / Van De Ven, F.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Location of M13 Coat Protein in Sodium Dodecyl Sulfate Micelles as Determined by NMR
著者: Papavoine, C.H. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W. / Van De Ven, F.J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Assignment of 1H, 15N, and Backbone 13C Resonances in Detergent-Solubilized M13 Coat Protein Via Multinuclear Multidimensional NMR: A Model for the Coat Protein Monomer
著者: Van De Ven, F.J. / Van Os, J.W. / Aelen, J.M. / Wymenga, S.S. / Remerowski, M.L. / Konings, R.N. / Hilbers, C.W.
履歴
登録1998年4月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M13 MAJOR COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2431
ポリマ－5,2431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 80LOWEST ENERGY, DISTANCE RESTRAINTS SMALLER THAN 0.5 A, DIHEDRAL VIOLATIONS SMALLER THAN 5 DEGREES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド M13 MAJOR COAT PROTEIN / M13 GENE-VIII-PROTEIN OR M13 GVIIIP


分子量: 5243.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
属: Inovirus / プラスミド: M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69541

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121TOCSY
131NOESY
141NOESY-HMQC (15N AND 13C)
151TOCSY-HMQC (15N)
161(H)CCH-TOCSY
171ROESY-GHSQC
181HMQC-NOESY-GHSQC
191HMQC-J
1101HNHA
1111HACACB-COSY
1121HNHB
1131HSQC(3J CGN)
1141HSQC(3JCGC')
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N -LABELED M13 COAT PROTEIN SOLUBILIZED IN DEUTERATED SODIUM DODECYL SULPHATE MICELLES (CONCENTRATION COAT PROTEIN/SDS = 1:250)

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試料調製

詳細内容: H2O
試料状態pH: 4.9 / 温度: 311 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY4001
Bruker AMBrukerAM5002
Bruker AMXBrukerAMX6003

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, THIS VERSION OF X-PLOR WAS EXTENDED FOR FLOATING CHIRALITY
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, DISTANCE RESTRAINTS SMALLER THAN 0.5 A, DIHEDRAL VIOLATIONS SMALLER THAN 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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