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- PDB-2clr: THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF A PEPTIDE EXTENDING OUT ONE END OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2clr
タイトルTHREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF A PEPTIDE EXTENDING OUT ONE END OF A CLASS I MHC BINDING SITE
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) (ALPHA CHAIN)
  • DECAMERIC PEPTIDE FROM CALRETICULIN
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


Calnexin/calreticulin cycle / response to biphenyl / cytolytic granule / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / Assembly of Viral Components at the Budding Site / cortical granule / negative regulation of trophoblast cell migration / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / cellular response to electrical stimulus ...Calnexin/calreticulin cycle / response to biphenyl / cytolytic granule / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / Assembly of Viral Components at the Budding Site / cortical granule / negative regulation of trophoblast cell migration / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / cellular response to electrical stimulus / complement component C1q complex binding / response to peptide / regulation of meiotic nuclear division / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / sequestering of calcium ion / endoplasmic reticulum quality control compartment / protein folding in endoplasmic reticulum / sarcoplasmic reticulum lumen / response to glycoside / hormone binding / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / nuclear export signal receptor activity / cardiac muscle cell differentiation / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Scavenging by Class A Receptors / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / nuclear androgen receptor binding / Scavenging by Class F Receptors / CD8 receptor binding / cellular response to lithium ion / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / response to testosterone / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / molecular sequestering activity / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / negative regulation of neuron differentiation / protein localization to nucleus / smooth endoplasmic reticulum / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of cell cycle / ERAD pathway / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endocytic vesicle lumen / protein folding chaperone / protein maturation / peptide binding / protein export from nucleus / : / : / acrosomal vesicle / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / cellular response to virus / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation
類似検索 - 分子機能
Calreticulin / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Calreticulin / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Calreticulin / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Collins, E.J. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of a peptide extending from one end of a class I MHC binding site.
著者: Collins, E.J. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Five Viral Peptide-Hla-A2 Co-Crystals: Simultaneous Space Group Determination and X-Ray Data Collection
著者: Garboczi, D.N. / Madden, D.R. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Comparison of the P2 Specificity Pocket in Three Human Histocompatibility Antigens: Hla-A(Asterisk)6801, Hla-A(Asterisk)0201, and Hla-B(Asterisk)2705
著者: Guo, H.-C. / Madden, D.R. / Silver, M.L. / Jardetzky, T.S. / Gorga, J.C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993
タイトル: The Antigenic Identity of Peptide-Mhc Complexes a Comparison of the Conformations of Five Viral Peptides Presented by Hla-A2
著者: Madden, D.R. / Garboczi, D.N. / Wiley, D.C.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Hla-A2-Peptide Complexes: Refolding and Crystallization of Molecules Expressed in Escherichia Coli and Complexed with Single Antigenic Peptides
著者: Garboczi, D.N. / Hung, D.T. / Wiley, D.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Human Histocompatibility Antigen Hla-A2 at 2.6 Angstroms Resolution
著者: Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Human Class I Histocompatibility Antigen, Hla-A2
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Foreign Antigen Binding Site and T Cell Recognition Regions of Class I Histocompatibility Antigens
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Histocompatibility Antigens Hla-A2 and Hla-A28 from Human Cell Membranes
著者: Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1994年8月1日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: DECAMERIC PEPTIDE FROM CALRETICULIN
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) (ALPHA CHAIN)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: DECAMERIC PEPTIDE FROM CALRETICULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5786
ポリマ－89,5786
非ポリマー00
水00
1
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) (ALPHA CHAIN)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN
C: DECAMERIC PEPTIDE FROM CALRETICULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7893
ポリマ－44,7893
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
2
D: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) (ALPHA CHAIN)
E: BETA 2-MICROGLOBULIN
F: DECAMERIC PEPTIDE FROM CALRETICULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7893
ポリマ－44,7893
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.410, 62.909, 74.810
Angle α, β, γ (deg.)81.99, 76.43, 78.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 210 / 2: CIS PROLINE - PRO B 32 / 3: CIS PROLINE - PRO D 210 / 4: CIS PROLINE - PRO E 32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.924892, 0.380207, 0.004274), (0.38021, 0.9249, -0.000132), (-0.004004, 0.001503, -0.999991)25.91708, -47.34475, 32.12666
2given(-0.906251, 0.42183, 0.027723), (0.421773, 0.906665, -0.00816), (-0.028578, 0.004298, -0.999582)22.78743, -47.91862, 32.41289
3given(-0.912356, 0.409396, 0.000786), (0.409388, 0.912323, 0.008246), (0.002658, 0.007845, -0.999966)24.03463, -48.32787, 31.44072
詳細THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES AS FOLLOWS: MTRIX 1: APPLIED TO CHAIN D RESIDUES 1 - 183, APPROXIMATELY GENERATES CHAIN A RESIDUES 1 - 183 MTRIX 1: APPLIED TO CHAIN F RESIDUES 1 - 10, APPROXIMATELY GENERATES CHAIN C RESIDUES 1 - 10 MTRIX 2: APPLIED TO CHAIN D RESIDUES 184 - 275, APPROXIMATELY GENERATES CHAIN A RESIDUES 184 - 275 MTRIX 3: APPLIED TO CHAIN E RESIDUES 1 - 99, APPROXIMATELY GENERATES CHAIN B RESIDUES 1 - 99

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要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) (ALPHA CHAIN)


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-2-MICROGLOBULIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-2-MICROGLOBULIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド DECAMERIC PEPTIDE FROM CALRETICULIN


分子量: 1055.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27797
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 6.5 / PH range high: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
225 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid1dropor 100mM imidazole
315 %(w/v)PEG60001reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.07 Å / 最低解像度: 2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.205

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.236 -
obs0.236 42669
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6308 0 0 0 6308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.34
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.299
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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