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- PDB-2ckz: X-ray structure of RNA polymerase III subcomplex C17-C25. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ckz
タイトルX-ray structure of RNA polymerase III subcomplex C17-C25.
要素
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 18 KD POLYPEPTIDE
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 25 KD POLYPEPTIDE
キーワードTRANSFERASE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / MULTIPROTEIN COMPLEX / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEAR PROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN / EUKARYOTIC NUCLEIC ACID POLYMERASE / CLASS III GENE TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION / TRNA SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / termination of RNA polymerase III transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / nucleoplasm ...RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / termination of RNA polymerase III transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #870 / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Growth Hormone; Chain: A; / Helix Hairpins / Rpb4/RPC9 superfamily ...Helix Hairpins - #870 / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Growth Hormone; Chain: A; / Helix Hairpins / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jasiak, A.J. / Armache, K.-J. / Martens, B. / Jansen, R.-P. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural Biology of RNA Polymerase III: Subcomplex C17/-C25 X-Ray Structure and 11-Subunit Enzyme Model
著者: Jasiak, A.J. / Armache, K.-J. / Martens, B. / Jansen, R.-P. / Cramer, P.
履歴
登録2006年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 18 KD POLYPEPTIDE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 25 KD POLYPEPTIDE
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 18 KD POLYPEPTIDE
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 25 KD POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6324
ポリマ－87,6324
非ポリマー00
水00
1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 18 KD POLYPEPTIDE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 25 KD POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8162
ポリマ－43,8162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 18 KD POLYPEPTIDE
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 25 KD POLYPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8162
ポリマ－43,8162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.230, 138.230, 247.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 18 KD POLYPEPTIDE / C17 / 18.6 KDA PROTEIN IN CCT3-CCT8 INTERGENIC REGION


分子量: 18637.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47076, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III 25 KD POLYPEPTIDE / C25


分子量: 25178.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35718, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.37 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97894
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月21日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 21061 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 994 4.2 %
Rwork0.2359 --
obs0.2359 21002 88.9 %
溶媒の処理Bsol: 56.9684 Å2 / ksol: 0.248836 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.166 Å2-8.293 Å20 Å2
2---14.166 Å20 Å2
3---28.331 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4386 0 0 0 4386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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