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万見
- PDB-2cky: Structure of the Arabidopsis thaliana thiamine pyrophosphate ribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cky
タイトルStructure of the Arabidopsis thaliana thiamine pyrophosphate riboswitch with its regulatory ligand
要素NUCLEIC ACID
キーワードNUCLEIC ACID
機能・相同性OSMIUM ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Thore, S. / Leibundgut, M. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure of the Eukaryotic Thiamine Pyrophosphate Riboswitch with its Regulatory Ligand.
著者: Thore, S. / Leibundgut, M. / Ban, N.
履歴
登録2006年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEIC ACID
B: NUCLEIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,29426
ポリマ－49,9182
非ポリマー3,37624
水00
1
A: NUCLEIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,45712
ポリマ－24,9591
非ポリマー1,49811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NUCLEIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,83714
ポリマ－24,9591
非ポリマー1,87813
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.850, 98.670, 54.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 NUCLEIC ACID


分子量: 24958.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os
#4: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化詳細: 10% 1,6-HEXANEDIOL 50MM SODIUM CACODYLATE PH7.0 10MM MGSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.1397
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1397 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. obs: 8918 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.72 / % possible all: 74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 37.628 / SU ML: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.474 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AN ALTERNATIVE CONFORMATION OF THE PYROPHOSPHATE THAT INCLUDES AN ADDITIONAL MG ION WOULD ALSO EXPLAIN THE ELECTRON DENSITY BUT DID NOT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AN ALTERNATIVE CONFORMATION OF THE PYROPHOSPHATE THAT INCLUDES AN ADDITIONAL MG ION WOULD ALSO EXPLAIN THE ELECTRON DENSITY BUT DID NOT REFINE STABLY AT CURRENT RESOLUTION. ATOM 3333 O22 TDP Z 1 -6.837 9.528 -43.442 1.00 57.26 ATOM 3334 P2 TDP Z 1 -5.700 8.586 -42.801 1.00 58.90 ATOM 3335 O23 TDP Z 1 -5.792 8.782 -41.205 1.00 56.67 ATOM 3336 O21 TDP Z 1 -5.840 7.175 -43.223 1.00 59.87 ATOM 3337 O11 TDP Z 1 -4.282 9.217 -43.230 1.00 58.47 ATOM 3338 P1 TDP Z 1 -3.766 10.572 -42.527 1.00 57.46 ATOM 3339 O13 TDP Z 1 -3.929 10.438 -40.935 1.00 57.28 ATOM 3340 O12 TDP Z 1 -4.348 11.782 -43.152 1.00 57.28 ATOM 3341 O5G TDP Z 1 -2.168 10.573 -42.729 1.00 56.65 ATOM 3342 C5B TDP Z 1 -1.596 9.973 -43.895 1.00 58.30 ATOM 3343 C5A TDP Z 1 -0.879 11.035 -44.733 1.00 58.55 ATOM 3344 C5 TDP Z 1 0.286 11.649 -43.960 1.00 57.40 ATOM 3345 C4 TDP Z 1 1.590 11.195 -43.763 1.00 56.88 ATOM 3346 C4A TDP Z 1 2.111 9.923 -44.433 1.00 58.41 ATOM 3347 S1 TDP Z 1 0.170 13.155 -43.100 1.00 63.43 ATOM 3348 C2 TDP Z 1 1.791 13.043 -42.459 1.00 58.90 ATOM 3349 N3 TDP Z 1 2.352 11.945 - 42.971 1.00 58.30 ATOM 3350 C35 TDP Z 1 3.742 11.569 -42.664 1.00 51.33 ATOM 3351 C5* TDP Z 1 4.667 12.074 -43.771 1.00 48.26 ATOM 3352 C6* TDP Z 1 4.096 12.728 -44.858 1.00 46.89 ATOM 3353 N1* TDP Z 1 4.858 13.191 -45.830 1.00 46.75 ATOM 3354 C2* TDP Z 1 6.191 13.046 -45.794 1.00 48.28 ATOM 3355 C2A TDP Z 1 7.051 13.632 -46.917 1.00 46.88 ATOM 3356 N3* TDP Z 1 6.783 12.419 -44.770 1.00 48.53 ATOM 3357 C4* TDP Z 1 6.048 11.929 -43.760 1.00 48.94 ATOM 3358 N4* TDP Z 1 6.649 11.292 - 42.759 1.00 48.13 ATOM 3359 MG MG M 1 -4.149 8.720 -39.392 1.00 48.53 ATOM 3360 MG MG M 2 -7.655 11.172 -43.838 1.00 68.69 ATOM 3361 O22 TDP Z 2 -1.323 -14.809-100.997 1.00 75.50 ATOM 3362 P2 TDP Z 2 -0.700 -13.758 -99.945 1.00 73.87 ATOM 3363 O23 TDP Z 2 0.797 -13.435-100.442 1.00 71.46 ATOM 3364 O21 TDP Z 2 -1.543 -12.551 -99.810 1.00 73.60 ATOM 3365 O11 TDP Z 2 -0.542 -14.553 -98.557 1.00 72.09 ATOM 3366 P1 TDP Z 2 0.607 -15.670 -98.393 1.00 71.83 ATOM 3367 O13 TDP Z 2 1.995 - 15.124 -98.985 1.00 71.01 ATOM 3368 O12 TDP Z 2 0.178 -17.018 -98.830 1.00 73.08 ATOM 3369 O5G TDP Z 2 0.854 -15.664 -96.804 1.00 69.28 ATOM 3370 C5B TDP Z 2 -0.265 -15.547 -95.922 1.00 69.80 ATOM 3371 C5A TDP Z 2 -0.542 -16.897 -95.257 1.00 71.58 ATOM 3372 C5 TDP Z 2 0.625 -17.307 -94.362 1.00 71.11 ATOM 3373 C4 TDP Z 2 1.021 -16.795 -93.126 1.00 70.49 ATOM 3374 C4A TDP Z 2 0.188 -15.742 -92.391 1.00 68.84 ATOM 3375 S1 TDP Z 2 1.775 -18.550 -94.770 1.00 74.34 ATOM 3376 C2 TDP Z 2 2.765 - 18.232 -93.367 1.00 72.30 ATOM 3377 N3 TDP Z 2 2.151 -17.298 - 92.637 1.00 70.45 ATOM 3378 C35 TDP Z 2 2.715 -16.846 -91.353 1.00 72.30 ATOM 3379 C5* TDP Z 2 2.073 -17.621 -90.204 1.00 62.80 ATOM 3380 C6* TDP Z 2 0.999 -18.455 -90.495 1.00 62.47 ATOM 3381 N1* TDP Z 2 0.373 -19.098 -89.528 1.00 61.62 ATOM 3382 C2* TDP Z 2 0.754 -18.967 -88.251 1.00 60.60 ATOM 3383 C2A TDP Z 2 0.029 -19.754 -87.159 1.00 60.95 ATOM 3384 N3* TDP Z 2 1.783 -18.172 -87.923 1.00 60.57 ATOM 3385 C4* TDP Z 2 2.451 -17.504 -88.871 1.00 62.25 ATOM 3386 N4* TDP Z 2 3.505 - 16.764 -88.539 1.00 61.96 ATOM 3387 MG MG M 3 3.095 -13.594 - 99.566 1.00 49.90 ATOM 3388 MG MG M 4 -1.296 -16.602-102.200 1.00 68.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1270 12.5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.191 8918 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20 Å20.88 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3310 74 0 3384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.21835856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42633360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2520.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3920.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19535429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0174.55856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.439 73
Rwork0.355 469
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01410.98140.27422.76820.15542.1085-0.0123-0.0642-0.1056-0.4060.1671-0.0458-0.03490.1515-0.15480.21820.0301-0.09880.0666-0.03890.10215.2412.466-46.358
23.28590.0667-0.51353.34471.75885.06860.09470.1432-0.1806-0.7329-0.23080.164-0.3047-0.27290.13610.3374-0.0355-0.19730.04080.0890.1974-5.4474.163-51.447
30.6031-0.46280.26053.6733-0.81791.1279-0.1373-0.1238-0.07690.09720.04090.45750.0835-0.10090.09640.1859-0.0186-0.06670.1406-0.02090.1514-0.227-18.266-88.755
44.4041-1.0656-2.53253.77950.4984.9602-0.18030.5835-0.2484-0.3599-0.22591.0863-0.057-0.86110.40620.2822-0.0884-0.21890.1263-0.01570.3754-8.463-9.543-96.711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4B60 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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