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- PDB-2ckl: Ring1b-Bmi1 E3 catalytic domain structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ckl
タイトルRing1b-Bmi1 E3 catalytic domain structure
要素
  • POLYCOMB GROUP RING FINGER PROTEIN 4
  • UBIQUITIN LIGASE PROTEIN RING2
キーワードTRANSCRIPTION / BMI1 / LIGASE / RING1B / POLYCOMB / E3-LIGASE / NUCLEAR PROTEIN / CHROMOSOMAL PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / METAL-BINDING / PROTO-ONCOGENE / CHROMATIN REGULATOR / UBL CONJUGATION PATHWAY / REPRESSOR / ZINC-FINGER / RING DOMAIN / TRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / SUMOylation of RNA binding proteins / histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex ...Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / SUMOylation of RNA binding proteins / histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / sex chromatin / rostrocaudal neural tube patterning / hematopoietic stem cell homeostasis / ubiquitin-protein transferase activator activity / embryonic skeletal system morphogenesis / somatic stem cell division / embryonic skeletal system development / PcG protein complex / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / gastrulation with mouth forming second / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / anterior/posterior axis specification / negative regulation of gene expression, epigenetic / germ cell development / MLL1 complex / hemopoiesis / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / heterochromatin / ubiquitin ligase complex / positive regulation of B cell proliferation / epigenetic regulation of gene expression / apoptotic signaling pathway / skeletal system development / promoter-specific chromatin binding / brain development / RING-type E3 ubiquitin transferase / euchromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / mitotic cell cycle / gene expression / in utero embryonic development / sequence-specific DNA binding / nuclear body / protein ubiquitination / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger ...E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Polycomb complex protein BMI-1 / E3 ubiquitin-protein ligase RING2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Buchwald, G. / van der Stoop, P. / Weichenrieder, O. / Perrakis, A. / van Lohuizen, M. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure and E3-Ligase Activity of the Ring-Ring Complex of Polycomb Proteins Bmi1 and Ring1B.
著者: Buchwald, G. / Van Der Stoop, P. / Weichenrieder, O. / Perrakis, A. / Van Lohuizen, M. / Sixma, T.K.
履歴
登録2006年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYCOMB GROUP RING FINGER PROTEIN 4
B: UBIQUITIN LIGASE PROTEIN RING2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7698
ポリマ－31,2532
非ポリマー5156
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.046, 120.046, 27.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 POLYCOMB GROUP RING FINGER PROTEIN 4 / BMI1 / POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1


分子量: 12525.765 Da / 分子数: 1 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 1-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYS S / 参照: UniProt: P25916
#2: タンパク質 UBIQUITIN LIGASE PROTEIN RING2 / RING1B / RING FINGER PROTEIN 2 / RING FINGER PROTEIN 1B


分子量: 18727.543 Da / 分子数: 1 / 断片: RING DOMAIN, RESIDUES 1-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTE PLYSS
参照: UniProt: Q9CQJ4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPONENT OF THE POLYCOMB GROUP (PCG) MULTIPROTEIN PRC1 COMPLEX, A COMPLEX REQUIRED TO MAINTAIN THE ...COMPONENT OF THE POLYCOMB GROUP (PCG) MULTIPROTEIN PRC1 COMPLEX, A COMPLEX REQUIRED TO MAINTAIN THE TRANSCRIPTIONALLY REPRESSIVE STATE OF MANY GENES, INCLUDING HOX GENES, THROUGHOUT DEVELOPMENT. E3 UBIQUITIN LIGASE PROTEIN THAT MEDIATES MONOUBIQUITINATION OF LYS-119 OF HISTONE H2A, THEREBY PLAYING A CENTRAL ROLE IN HISTONE CODE AND GENE REGULATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 10% PEG3350, 0.1M NAI, 0.05M BIS-TRIS-PROPANE PH7.5, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月16日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 15568 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.275 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 781 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 14759 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.15 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 0 6 123 1691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.9882143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.155191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.622.81264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66215310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8341513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8961.5981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48121590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3043652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.554.5553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 52
Rwork0.207 1065
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1434-0.97221.60531.9978-1.05585.24310.0303-0.0362-0.1745-0.1161-0.01620.11620.0418-0.0749-0.014-0.26570.02090.0152-0.2271-0.0039-0.23278.37949.1550.593
292.91693.06851.07740.67821.80370.3213-0.0949-0.535-0.016-0.0860.15030.332-0.3235-0.2353-0.0195-0.07570.0002-0.02490.0012-0.0139-2.86142.0621.152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 38
3X-RAY DIFFRACTION2B44 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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