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万見
- PDB-2cka: Solution structures of the BRK domains of the human Chromo Helica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cka
タイトルSolution structures of the BRK domains of the human Chromo Helicase Domain 7 and 8, reveals structural similarity with GYF domain suggesting a role in protein interaction
要素CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 8
キーワードHYDROLASE / BRK DOMAIN / TRANSCRIPTION ELONGATION / CHROMATIN REMODELING / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / TRANSCRIPTION / HELICASE / NUCLEAR PROTEIN / CHROMATIN REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of fibroblast apoptotic process / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone H3K4me3 reader activity / digestive tract development / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / MLL1 complex / social behavior / prepulse inhibition / DNA helicase activity / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex ...negative regulation of fibroblast apoptotic process / ATP-dependent chromatin remodeler activity / histone H3K4me3 reader activity / digestive tract development / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / MLL1 complex / social behavior / prepulse inhibition / DNA helicase activity / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / brain development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Wnt signaling pathway / mRNA processing / p53 binding / histone binding / in utero embryonic development / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #120 / : / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6-9, tri-helical / BRK domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases ...Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 / Ribosomal Protein L9; domain 1 - #120 / : / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6-9, tri-helical / BRK domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CANDID IN CYANA
データ登録者Ab, E. / de Jong, R.N. / Diercks, T. / Xiaoyun, J. / Daniels, M. / Kaptein, R. / Folkers, G.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structures of the Brk Domains of the Human Chromo Helicase Domain 7 and 8, Reveals Structural Similarity with Gyf Domain Suggesting a Role in Protein Interaction
著者: Ab, E. / De Jong, R.N. / Diercks, T. / Xiaoyun, J. / Daniels, M. / Kaptein, R. / Folkers, G.E.
履歴
登録2006年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0601
ポリマ－11,0601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 8 / ATP-DEPENDENT HELICASE CHD8 / CHD-8 / HELICASE WITH SNF2 DOMAIN 1


分子量: 11059.638 Da / 分子数: 1 / 断片: BRK DOMAIN, RESIDUES 2012-2085 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: SELF MADE CDNA LIBRARY OF MULTIPLE HUMAN CARCINOMA CELL LINES
プラスミド: PHISLIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q9HCK8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCO
121HN(CA)CO
131HN(CA)CB
141CBCA(CO)NH
151HBHA(CO)NH
161HNCAHA
171CC(CO)NH
181CCH-COSY
191(H)CCH- TOCSY
1101HNH-NOESY
1111HCH- NOESY
1121CNH-NOESY
1131HH- NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED CHD8 2012-2085

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試料調製

詳細内容: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
精密化手法: CANDID IN CYANA / ソフトェア番号: 1
詳細: EFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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