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万見
- PDB-2cj3: CRYSTAL STRUCTURE OF PLASTOCYANIN FROM A CYANOBACTERIUM, ANABAENA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cj3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PLASTOCYANIN FROM A CYANOBACTERIUM, ANABAENA VARIABILIS
要素PLASTOCYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / COPPER / TRANSPORT / BETA BARREL / PLASTOCYANIN / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Plastocyanin, cyanobacteria / Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Plastocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種ANABAENA SP. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fields, B.A. / Duff, A.P. / Govinderaju, K. / Jackman, M.P. / Lee, H.W. / Church, W.B. / Guss, J.M. / Sykes, A.G. / Freeman, H.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure and Electron-Transfer Reactivity of Plastocyanin from a Cyanobacterium, Anabaena Variabilis
著者: Fields, B.A. / Duff, A.P. / Govinderaju, K. / Jackman, M.P. / Lee, H.W. / Church, W.B. / Guss, J.M. / Sykes, A.G. / Freeman, H.C.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52021年4月28日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / reflns ...pdbx_struct_conn_angle / reflns / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns.pdbx_redundancy / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASTOCYANIN
B: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3604
ポリマ－22,2332
非ポリマー1272
水1,63991
1
A: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1802
ポリマ－11,1171
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1802
ポリマ－11,1171
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.290, 68.480, 42.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PLASTOCYANIN


分子量: 11116.643 Da / 分子数: 2 / 断片: HOLOENZYME, RESIDUES 35-139 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HOLOENZYME, TWO COPIES / 由来: (天然) ANABAENA SP. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P46444
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG6000, HEPES, POTASSIUM PHOSPHATE, SODIUM PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: PHILIPS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: NRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1988年12月15日 / 詳細: GRAPHITE MONOCHROMATOR MIRROR AND SI(111)
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→10 Å / Num. obs: 21041 / % possible obs: 80.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / % possible all: 24.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
WEISデータ削減
タンパク質データスケーリング
MERLOT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PLC

1plc


解像度: 1.7→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.582 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 923 5.1 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.141 17228 82.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0.17 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 2 91 1657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9822200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71933424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1975208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72425.17258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45215258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.936152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.21275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0920.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1220.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.62921327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08231700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.644649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1156500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.236 37
Rwork0.18 687
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6003-0.44110.09291.27110.380.8690.0221-0.0052-0.0017-0.02280.0011-0.04680.0057-0.0098-0.0232-0.0176-0.00540.0022-0.01510.0061-0.00715.06761.937121.5231
20.7936-0.35910.1661.16830.24320.74290.0270.0335-0.00310.0589-0.03180.0103-0.0171-0.00010.0048-0.0057-0.00890.0116-0.02260.001-0.0209-0.4267-0.50324.0038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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