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万見
- PDB-2ciu: Structure of the IMS domain of the mitochondrial import protein T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ciu
タイトルStructure of the IMS domain of the mitochondrial import protein Tim21 from S. cerevisiae
要素IMPORT INNER MEMBRANE TRANSLOCASE SUBUNIT TIM21 MITOCHONDRIAL
キーワードPROTEIN TRANSPORT / MITOCHONDRIAL IMPORT / INNER MEMBRANE / MEMBRANE / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE / TRANSLOCATION / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein insertion into mitochondrial inner membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim21 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim21 / Tim21 IMS domain superfamily / TIM21 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM21
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Albrecht, R. / Zeth, K. / Rehling, P. / Pfanner, N.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2006
タイトル: The Tim21 Binding Domain Connects the Preprotein Translocases of Both Mitochondrial Membranes
著者: Albrecht, R. / Rehling, P. / Chacinska, A. / Brix, J. / Cadamuro, S.A. / Volkmer, R. / Guiard, B. / Pfanner, N. / Zeth, K.
履歴
登録2006年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORT INNER MEMBRANE TRANSLOCASE SUBUNIT TIM21 MITOCHONDRIAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7631
ポリマ－14,7631
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.310, 58.820, 62.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IMPORT INNER MEMBRANE TRANSLOCASE SUBUNIT TIM21 MITOCHONDRIAL / TIM21P


分子量: 14763.003 Da / 分子数: 1 / 断片: IMS DOMAIN, RESIDUES 103-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
器官: MITOCHONDRIUM / プラスミド: PPROEXHTA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53220
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ESSENTIAL COMPONENT OF THE TIM23 COMPLEX, A COMPLEX THAT MEDIATES THE TRANSLOCATION OF TRANSIT ...ESSENTIAL COMPONENT OF THE TIM23 COMPLEX, A COMPLEX THAT MEDIATES THE TRANSLOCATION OF TRANSIT PEPTIDE-CONTAINING PROTEINS ACROSS THE MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.2 M LI2SO4, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 16515 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 3.72 / 冗長度: 3.33 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.58→1.68 Å / 冗長度: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 909332.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 803 4.9 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.1975 16047 98.3 %-
溶媒の処理Bsol: 68.9141 Å2 / ksol: 0.419383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.929 Å20 Å20 Å2
2--3.05 Å20 Å2
3----1.122 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1003 0 0 167 1170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 130 5 %
Rwork0.228 2475 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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