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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cif | ||||||
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タイトル | Complexes of Dodecin with Flavin and Flavin-like Ligands | ||||||
要素 | VNG1446H | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Grininger, M. / Seiler, F. / Zeth, K. / Oesterhelt, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Dodecin Sequesters Fad in Closed Conformation from the Aqueous Solution. 著者: Grininger, M. / Seiler, F. / Zeth, K. / Oesterhelt, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cif.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cif.ent.gz | 19.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cif.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/2cif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/2cif | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 7442.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APOPROTEIN CRYSTALS SOAKED WITH FAD / 由来: (組換発現) HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性) / 株: R1 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 671) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HPW4 |
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-非ポリマー , 6種, 18分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-FAD / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | PIR-NREF |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.87 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 8% W/V PEG 8000 (8.5), 2.3 M NACL, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9168 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9168 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 32836 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 16.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 10.32 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CC9 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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