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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2chb | ||||||||||||
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タイトル | CHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE | ||||||||||||
![]() | CHOLERA TOXIN | ||||||||||||
![]() | TOXIN / TOXIN-RECEPTOR COMPLEX / PENTASACCHARIDE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() | ||||||||||||
![]() | Merritt, E.A. / Hol, W.G.J. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of receptor binding by cholera toxin mutants. 著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Jobling, M.G. / Chang, T. / Holmes, R.K. / Hirst, T.R. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Cholera Toxin B-Pentamer Bound to Receptor Gm1 Pentasaccharide 著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Van Den Akker, F. / L'Hoir, C. / Martial, J.A. / Hol, W.G. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11754.463 Da / 分子数: 5 / 断片: B-PENTAMER / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RECEPTOR BINDING SITE ON EACH MONOMER OCCUPIED BY GM1 PENTASACCHARIDE 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 200 MM MGCL2 100 MM CACODYLATE 5% PEG 1000 PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 35318 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.246 / % possible all: 99 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1CHB![]() 1chb 解像度: 2→10 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.271 |