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- PDB-2cgy: STRUCTURE OF HELIX POMATIA AGGLUTININ WITH FORSMANN ANTIGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cgy
タイトルSTRUCTURE OF HELIX POMATIA AGGLUTININ WITH FORSMANN ANTIGEN
要素AGGLUTININ
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / SNAIL
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylgalactosamine binding / protein complex involved in cell adhesion / oligosaccharide binding / polysaccharide binding / phagocytic vesicle / cell-cell adhesion / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #2080 / H-type lectin domain / H-type lectin domain superfamily / H-type lectin domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Forssman antigen fragment / Agglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種HELIX POMATIA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sanchez, J.-F. / Lescar, J. / Audfray, A. / Gautier, C. / Chazalet, V. / Gagnon, J. / Breton, C. / Imberty, A. / Mitchell, E.P.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Recognition of Breast and Colon Cancer Epitopes Tn Antigen and Forssman Disaccharide by Helix Pomatia Lectin.
著者: Lescar, J. / Sanchez, J.-F. / Audfray, A. / Coll, J. / Breton, C. / Mitchell, E.P. / Imberty, A.
履歴
登録2006年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9853
ポリマ－11,3401
非ポリマー6462
水181
1
A: AGGLUTININ
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,91218
ポリマ－68,0396
非ポリマー3,87412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area13680 Å2
ΔGint-58.5 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.019, 62.019, 106.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ


分子量: 11339.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH / 由来: (天然) HELIX POMATIA (無脊椎動物) / 器官: ALBUMIN GLAND / 参照: UniProt: Q2F1K8
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Forssman antigen fragment


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Forssman antigen fragment
記述子タイププログラム
DGalpNAca1-3DGalpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING DROP METHOD WITH PRECIPITATION SOLUTION CONTAINING LITHIUM SULPHATE (2 M) AND AMMONIUM SULPHATE (3.5 M) IN SODIUM CITRATE BUFFER (1.5M, PH 6.5) AND 10MM OF FORSMANN LIGAND.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月8日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 2945 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CE6

2ce6


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 16.219 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.512 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 132 4.5 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs0.265 2792 88.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.92 Å2-1.96 Å20 Å2
2---3.92 Å20 Å2
3---5.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数767 0 43 1 811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2422.0091137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.733.0031646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.086599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3390.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3221.5499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5972810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.753332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3484.5327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.656 9
Rwork0.325 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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