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- PDB-2cgp: CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN/DNA COMPLEX, ADENOSINE-3',5'-CY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cgp
タイトルCATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN/DNA COMPLEX, ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
  • PROTEIN (CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / DNA-BINDING / CAMP-BINDING / ACTIVATOR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Passner, J.M. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The structure of a CAP-DNA complex having two cAMP molecules bound to each monomer.
著者: Passner, J.M. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a CAP-DNA Complex: The DNA is Bent by 90 Degrees
著者: Schultz, S.C. / Shields, G.C. / Steitz, T.A.
履歴
登録1997年1月31日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*T)-3')
A: PROTEIN (CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2705
ポリマ－31,6123
非ポリマー6582
水2,684149
1
B: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*T)-3')
A: PROTEIN (CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN)
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*T)-3')
A: PROTEIN (CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,54010
ポリマ－63,2236
非ポリマー1,3174
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)79.190, 79.190, 140.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3332.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4607.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN)


分子量: 23672.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8
#4: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6
詳細: COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AT PH 6.0 FROM 4-6% PEG, 20% ETHYLENE GLYCOL, 0.2 M NACL, 25 MM MGCL2 AND 2 MM AMP.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16 mg/mlprotein1drop
34-6 %PEG33501reservoir
420 %ethylene glycol1reservoir
50.2 M1reservoirNaCl
625 mM1reservoirMgCl2
72 mMcAMP1reservoir
2DNA1drop1.3 molar excess

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 22805 / % possible obs: 86.2 % / Biso Wilson estimate: 2.3 Å2 / Rsym value: 6.3 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 41.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.411

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CGP

1cgp


解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.7 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 2012 9.9 %
obs0.237 20270 78.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å2-1.36 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1580 530 44 149 2303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.132
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.772.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 173 9.1 %
Rwork0.332 1728 -
obs--59.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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