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万見
- PDB-2cf2: Architecture of mammalian fatty acid synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cf2
タイトルArchitecture of mammalian fatty acid synthase
要素
  • FATTY ACID SYNTHASE, DH DOMAIN
  • FATTY ACID SYNTHASE, ER DOMAIN
  • FATTY ACID SYNTHASE, KR DOMAIN
  • FATTY ACID SYNTHASE, KS DOMAIN
  • FATTY ACID SYNTHASE, MAT DOMAIN
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID METABOLISM / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MULTIENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.3 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, J, B, K, C, L, D, M, E, N
データ登録者Maier, T. / Jenni, S. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Architecture of Mammalian Fatty Acid Synthase at 4.5 A Resolution.
著者: Maier, T. / Jenni, S. / Ban, N.
履歴
登録2006年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID SYNTHASE, KS DOMAIN
B: FATTY ACID SYNTHASE, MAT DOMAIN
C: FATTY ACID SYNTHASE, DH DOMAIN
D: FATTY ACID SYNTHASE, ER DOMAIN
E: FATTY ACID SYNTHASE, KR DOMAIN
J: FATTY ACID SYNTHASE, KS DOMAIN
K: FATTY ACID SYNTHASE, MAT DOMAIN
L: FATTY ACID SYNTHASE, DH DOMAIN
M: FATTY ACID SYNTHASE, ER DOMAIN
N: FATTY ACID SYNTHASE, KR DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,13310
ポリマ－333,13310
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.100, 245.000, 134.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE, KS DOMAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 42668.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: UniProt: P0A953*PLUS, fatty-acid synthase system
#2: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE, MAT DOMAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 30981.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: fatty-acid synthase system
#3: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE, DH DOMAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 37701.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: fatty-acid synthase system
#4: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE, ER DOMAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 31513.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: fatty-acid synthase system
#5: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE, KR DOMAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23702.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: fatty-acid synthase system
配列の詳細THIS PDB FILE CONTAINS INDIVIDUAL HOMOLOGOUS DOMAINS PLACED INTO AN EXPERIMENTALLY PHASED 4.5A ...THIS PDB FILE CONTAINS INDIVIDUAL HOMOLOGOUS DOMAINS PLACED INTO AN EXPERIMENTALLY PHASED 4.5A RESOLUTION ELECTRON DENISTY MAP TO ILLUSTRATE THE ARCHITECTURE OF MAMMALIAN FATTY ACID SYNTHASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 41085 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 4.3→4.5 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.3→50 Å / Num. reflection obs: 41085
詳細: THIS PDB FILE CONTAINS INDIVIDUAL HOMOLOGOUS DOMAINS PLACED INTO AN EXPERIMENTALLY PHASED 4.5A RESOLUTION ELECTRON DENISTY MAP TO ILLUSTRATE THE ARCHITECTURE OF MAMMALIAN FATTY ACID SYNTHASE. ...詳細: THIS PDB FILE CONTAINS INDIVIDUAL HOMOLOGOUS DOMAINS PLACED INTO AN EXPERIMENTALLY PHASED 4.5A RESOLUTION ELECTRON DENISTY MAP TO ILLUSTRATE THE ARCHITECTURE OF MAMMALIAN FATTY ACID SYNTHASE. FOR FURTHER INFORMATION ABOUT THE PLACED DOMAINS, SEE THE PRIMARY REFERENCE.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 0 0 3146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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