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万見
- PDB-2ce6: Structure of Helix Pomatia agglutinin with no ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ce6
タイトルStructure of Helix Pomatia agglutinin with no ligands
要素HELIX POMATIA AGGLUTININ
キーワードLECTIN / SNAIL / HELIX POMATIA
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylgalactosamine binding / protein complex involved in cell adhesion / oligosaccharide binding / polysaccharide binding / phagocytic vesicle / cell-cell adhesion / cell surface / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #2080 / H-type lectin domain / H-type lectin domain superfamily / H-type lectin domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HELIX POMATIA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sanchez, J.-F. / Lescar, J. / Chazalet, V. / Audfray, A. / Gautier, C. / Gagnon, J. / Breton, C. / Imberty, A. / Mitchell, E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Biochemical and Structural Analysis of Helix Pomatia Agglutinin. A Hexameric Lectin with a Novel Fold.
著者: Sanchez, J.-F. / Lescar, J. / Chazalet, V. / Audfray, A. / Gagnon, J. / Alvarez, R. / Breton, C. / Imberty, A. / Mitchell, E.P.
履歴
登録2006年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HELIX POMATIA AGGLUTININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3391
ポリマ－11,3391
非ポリマー00
水45025
1
A: HELIX POMATIA AGGLUTININ
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0336
ポリマ－68,0336
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.600, 61.600, 105.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

21A-2017-

HOH

31A-2020-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HELIX POMATIA AGGLUTININ


分子量: 11338.778 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-121 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH / 由来: (天然) HELIX POMATIA (無脊椎動物) / 器官: ALBUMIN GLAND / 参照: UniProt: Q2F1K8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING DROP METHOD WITH PRECIPITATION SOLUTION CONTAINING LITHIUM SULPHATE (2 M) AND AMMONIUM SULPHATE (3.5 M) IN SODIUM CITRATE BUFFER (1.5M, PH 6.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→52.49 Å / Num. obs: 5042 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.35 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.67
反射 シェル解像度: 2.4→2.43 Å / 冗長度: 4.37 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCV

2ccv


解像度: 2.4→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 10.227 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 100-101 ARE DISORDERED AND HAVE NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 236 4.7 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 4785 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å2-1.01 Å20 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数780 0 0 25 805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9391089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78731656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.57323.52934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.46715130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.151156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8041.5635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9912814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3353360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0584.5275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.426 27
Rwork0.319 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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