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- PDB-2ccy: STRUCTURE OF FERRICYTOCHROME C(PRIME) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ccy
タイトルSTRUCTURE OF FERRICYTOCHROME C(PRIME) FROM RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM AT 1.67 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT (HEME PROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c prime / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c, class II / Cytochrome C' / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeospirillum molischianum (走磁性)
手法X線回折 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Finzel, B.C. / Weber, P.C. / Hardman, K.D. / Salemme, F.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Structure of ferricytochrome c' from Rhodospirillum molischianum at 1.67 A resolution.
著者: Finzel, B.C. / Weber, P.C. / Hardman, K.D. / Salemme, F.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Lattice Mobility and Anomalous Temperature Factor Behaviour in Cytochrome C(Prime)
著者: Finzel, B.C. / Salemme, F.R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Crystallographic Structure of Rhodospirillum Molischianum Ferricytochrome C(Prime) at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Weber, P.C. / Howard, A. / Xuong, N.H. / Salemme, F.R.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Correlations between Structural and Spectroscopic Properties of the High-Spin Heme Protein Cytochrome C(Prime)
著者: Weber, P.C.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: On the Evolutionary Relationship of the 4-Alpha-Helical Heme Proteins. The Comparison of Cytochrome B562 and Cytochrome C(Prime)
著者: Weber, P.C. / Salemme, F.R. / Mathews, F.S. / Bethge, P.H.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Structural and Functional Diversity in 4-Alpha-Helical Proteins
著者: Weber, P.C. / Salemme, F.R.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Structure of Cytochrome C(Prime). A Dimeric, High-Spin Haem Protein
著者: Weber, P.C. / Bartsch, R.G. / Cusanovich, M.A. / Hamlin, R.C. / Howard, A. / Jordan, S.R. / Kamen, M.D. / Meyer, T.E. / Weatherford, D.W. / Xuong, N.H. / Salemme, F.R.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Preliminary Crystallographic Data for Cytochromes C(Prime) of Rhodopseudomonas Capsulata and Rhodospirillum Molischianum
著者: Weber, P. / Salemme, F.R.
履歴
登録1985年8月27日処理サイト: BNL
置き換え1986年1月21日ID: 1CCY
改定 1.01986年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1164
ポリマ－26,8792
非ポリマー1,2372
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.580, 72.330, 75.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE GLN 42 IN BOTH CHAINS IS MODELLED IN TWO CONFORMATIONS.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.4673, 0.2938, -0.8339), (0.3022, -0.9394, -0.1616), (-0.8309, -0.1765, -0.5277)
ベクター: 14.6, 27.06, 35.31)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 13439.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phaeospirillum molischianum (走磁性)
参照: UniProt: P00152
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: referred to 'Weber, P.', (1977) J.Mol.Biol., 117, 815-820
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
240 %satammonium sulfate1drop
30.05 Mmagnesium nitrate1drop
4ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.66 Å / Num. obs: 46290 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 213471

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.67 Å / Num. reflection obs: 30533 / σ(I): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 86 194 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
σ(I): 1 / 最高解像度: 1.67 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. reflection obs: 30533 / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.050.051
X-RAY DIFFRACTIONo_planar_d0.050.059
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.40.33
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 9999 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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