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- PDB-2ccd: Crystal structure of the catalase-peroxidase (KatG) and S315T mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ccd
タイトルCrystal structure of the catalase-peroxidase (KatG) and S315T mutant from Mycobacterium tuberculosis
要素PEROXIDASE/CATALASE T
キーワードOXIDOREDUCTASE / KATG / HYDROGEN PEROXIDE / IRON / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / cell wall / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process ...oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors, nitrogenous group as acceptor / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / catalase-peroxidase / cell wall / NADH binding / catalase activity / NADPH binding / positive regulation of DNA repair / peptidoglycan-based cell wall / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to hydrogen peroxide / response to oxidative stress / response to antibiotic / heme binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Catalase-peroxidase haem / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-peroxidase / Catalase-peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yu, H. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Hydrogen Peroxide-Mediated Isoniazid Activation Catalyzed by Mycobacterium Tuberculosis Catalase- Peroxidase (Katg) and its S315T Mutant.
著者: Zhao, X. / Yu, H. / Yu, S. / Wang, F. / Sacchettini, J.C. / Magliozzo, R.S.
履歴
登録2006年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIDASE/CATALASE T
B: PEROXIDASE/CATALASE T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,6364
ポリマ－161,4032
非ポリマー1,2332
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-103.6 kcal/mol
Surface area49470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.807, 149.807, 154.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A26 - 741
2111B26 - 741

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要素

#1: タンパク質 PEROXIDASE/CATALASE T / KATG S315T / CATALASE-PEROXIDASE T


分子量: 80701.633 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEME PROTORPHYRIN IX FE(III)
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: MTB H37RV / プラスミド: PSY31 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM262 / 参照: UniProt: Q08129, UniProt: P9WIE5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HAS A DOUBLE FUNCTION: EXHIBITS BOTH A CATALASE AND BROAD- SPECTRUM PEROXIDASE ACTIVITIES. POSSIBLE ...HAS A DOUBLE FUNCTION: EXHIBITS BOTH A CATALASE AND BROAD- SPECTRUM PEROXIDASE ACTIVITIES. POSSIBLE ROLE IN THE INTRACELLULAR SURVIVAL OF MYCOBACTERIA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 315 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 315 TO THR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 6% PEG4000, 0.1M NA ACETATE, PH4.6, 0.17MM N-DODECYL-B-D-MALTOSIDE PROTEIN CONCENTRATION OF 16MG/ML, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.974
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 76312 / % possible obs: 78.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
XTALVIEW位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CC4

2cc4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 17.759 / SU ML: 0.215 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 3986 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 76312 78.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3---2.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11034 0 86 595 11715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211435
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.97215590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9651422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85424.023512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.057151754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2741572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.26193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.27844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2818
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.57211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.796211326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33834898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9424.54260
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5517 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.380.05
tight thermal1.470.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 231
Rwork0.321 4471
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55460.02510.24270.03950.12330.43540.05410.0188-0.15370.0742-0.0599-0.00640.0041-0.01490.00580.0096-0.0453-0.01020.0120.0274-0.025357.94518.61139.868
20.5587-0.0290.0710.20630.04510.13830.0391-0.03920.02150.0131-0.0187-0.06820.0106-0.0225-0.02040.0112-0.0117-0.02550.0046-0.0043-0.036679.7339.03647.808
30.4390.14140.15111.1168-0.00760.1644-0.03880.046-0.027-0.0650.0215-0.0427-0.0118-0.01890.01740.0268-0.00380.00680.04620.0109-0.140157.17533.50615.047
40.57960.31220.00280.68950.00380.06310.0413-0.0287-0.11990.0006-0.0531-0.0928-0.0201-0.02270.0119-0.0049-0.0051-0.0033-0.00910.0164-0.029840.078-5.5532.776
51.46640.62720.13580.72360.21560.19080.1222-0.2609-0.01070.127-0.17620.02750.0072-0.09290.0540.051-0.07070.01690.1084-0.0148-0.156538.71922.57761.367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1B26 - 60
3X-RAY DIFFRACTION2A61 - 433
4X-RAY DIFFRACTION2A1741
5X-RAY DIFFRACTION3A434 - 740
6X-RAY DIFFRACTION4B61 - 433
7X-RAY DIFFRACTION4B1741
8X-RAY DIFFRACTION5B434 - 740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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