PDB-2cby: Crystal structure of the ATP-dependent Clp Protease proteolytic s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cby

タイトル

Crystal structure of the ATP-dependent Clp Protease proteolytic subunit 1 (ClpP1) from Mycobacterium tuberculosis

要素

ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / CLP PROTEASE / PROTEOLYTIC SUBUNIT / ENDOPEPTIDASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / ATP-DEPENDENT PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Mate, M.J. / Portnoi, D. / Alzari, P.M. / Ortiz-Lombardia, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Insights Into the Inter-Ring Plasticity of Caseinolytic Proteases from the X-Ray Structure of Mycobacterium Tuberculosis Clpp1.
著者: Ingvarsson, H. / Mate, M.J. / Hogbom, M. / Portnoi, D. / Benaroudj, N. / Alzari, P.M. / Ortiz-Lombardia, M. / Unge, T.

履歴

登録	2006年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2cby.ent.gz	192.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cby_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cby_full_validation.pdf.gz	485 KB	表示
XML形式データ	2cby_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	2cby_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c8tC 2ce3C 1tyfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c8t-2 2c8t-3 4u0h-d 3tt6-d 4hnk-2 4gm2-d 6jx2-d 4hnk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

B: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

C: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

D: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

E: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

F: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

G: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

160 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.255, 178.255, 264.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

CLPP ENDOPEPTIDASES ARE KNOWN TO BE TETRADECAMERICAND THIS IS THE MULTIMERIC STATE FOUND IN THISSTRUCTURE.HOWEVER, IN THIS PROTEIN, GEL FILTRATION AND INTER-COMPLEX REGIONS BETWEEN THE TWO HEPTAMERIC RINGS WOULDINDICATE THAT THE OLIGOMER IS LIKELY TO BE HEPTAMERICIN SOLUTION.IN ORDER TO GENERATE THE 14-MER, THE FOLLOWINGTRANSFORMATION NEEDS TO BE APPLIED TO ALL THE SEVENCHAINS IN THIS FILE.BIOMT1 2 0.500000 -0.866025 0. 000000 89.12738BIOMT2 2 -0.866025 -0. 500000 0.000000 154.37311BIOMT3 2 0. 000000 0.000000 -1.000000 220.76231

#1: タンパク質	ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1 / ENDOPEPTIDASE CLPP 1 分子量: 22798.818 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 解説: INSTITUT PASTEUR COLLECTION / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A526, UniProt: P9WPC5*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CLEAVES PEPTIDES IN VARIOUS PROTEINS IN A PROCESS THAT REQUIRES ATP HYDROLYSIS. HAS A CHYMOTRYPSIN- ...CLEAVES PEPTIDES IN VARIOUS PROTEINS IN A PROCESS THAT REQUIRES ATP HYDROLYSIS. HAS A CHYMOTRYPSIN-LIKE ACTIVITY. PLAYS A MAJOR ROLE IN THE DEGRADATION OF MISFOLDED PROTEINS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.91 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD IN HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF 3 MG/ML PROTEIN SOLUTION (IN 50 MM TRIS-HCL PH 8) AND RESERVOIR SOLUTION INCLUDING 1 M ...詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD IN HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF 3 MG/ML PROTEIN SOLUTION (IN 50 MM TRIS-HCL PH 8) AND RESERVOIR SOLUTION INCLUDING 1 M AMMONIUM SULPHATE IN 0.1 M HEPES PH 8.

結晶

マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.91 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD IN HANGING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF 3 MG/ML PROTEIN SOLUTION (IN 50 MM TRIS-HCL PH 8) AND RESERVOIR SOLUTION INCLUDING 1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93366
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93366 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→76.7 Å / Num. obs: 76728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.2 % / B_iso Wilson estimate: 40.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 24.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 22.5 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TYF

1tyf

解像度: 2.6→154.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 12.914 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE N-TERMINAL REGION OF EACH MONOMER, UP TO RESIDUE LEU14 IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP AND HAS NOT BEEN MODELLED. THE REGION ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	3895	5.12 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	76647	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.872 Å²	0.436 Å²	0 Å²
2-	-	0.872 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.307 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→154.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9149	0	0	301	9450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9299
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.965	12557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.912	23.735	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.468	15	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.233	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	4081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.805	1.5	6054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.333	2	9363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.318	3	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.798	4.5	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 11.6→154.3 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.464	47
R_work	0.399	973

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2703	-0.7011	-0.0605	1.0174	0.0981	2.2256	-0.0151	0.0645	-0.0044	0.0123	0.0002	-0.0231	0.1932	0.226	0.015	-0.0011	0.0226	-0.0133	-0.0764	0.0445	-0.0359	35.6324	117.8111	88.0467
2	1.3906	-0.1736	-0.2288	0.5879	-0.2194	2.5063	-0.0682	-0.1597	-0.1045	0.0439	-0.0193	0.0284	0.2393	0.0572	0.0875	0.02	-0.001	-0.0126	-0.1254	0.0397	-0.0453	13.552	123.0841	104.7082
3	2.2509	-0.0243	0.4679	1.0942	-0.9282	1.945	0.0071	0.1547	-0.0469	-0.1247	-0.0083	-0.0125	0.0828	0.0708	0.0012	-0.041	0.0379	0.0107	-0.1189	-0.0248	-0.0879	8.7022	114.6512	131.2186
4	2.2775	-0.6444	-0.3205	1.2038	-0.4298	1.1869	0.0221	0.1287	-0.0852	-0.091	-0.0563	-0.13	0.1358	0.0952	0.0342	-0.0742	0.0384	0.0054	-0.1037	-0.0278	-0.0901	24.7358	98.5619	147.597
5	1.692	-0.4368	-0.7073	1.3806	-0.4948	1.813	0.016	0.0656	0.0269	0.0488	0.0931	0.0796	-0.0474	-0.0801	-0.1092	-0.1169	0.0707	-0.028	-0.0192	-0.0114	-0.0523	49.3785	86.1273	141.247
6	1.0966	-0.3231	-0.259	1.4281	-0.5453	2.4871	0.0186	0.1795	0.0197	-0.1678	0.0779	0.0603	-0.1054	-0.1453	-0.0965	-0.0778	0.0576	-0.0322	0.0102	-0.0071	-0.0126	64.4862	88.1153	117.5019
7	1.405	-1.1289	0.1532	1.8437	0.1032	3.0409	-0.0755	0.0723	0.0747	-0.0278	0.0221	0.0673	-0.0782	0.0241	0.0534	-0.0447	0.0149	0.0053	0.0412	0.0371	0.0158	58.3852	102.4969	93.4712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	15 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	15 - 193
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	15 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	15 - 191

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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