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- PDB-2cbj: Structure of the Clostridium perfringens NagJ family 84 glycoside... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cbj
タイトルStructure of the Clostridium perfringens NagJ family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human O-GlcNAcase in complex with PUGNAc
要素HYALURONIDASE
キーワードHYDROLASE / O-GLCNAC / FAMILY 84 GLYCOSIDE HYDROLASES / GLYCOSIDE HYDROLASE / HYALURONIDASES / CARBOHYDRATES
機能・相同性
機能・相同性情報


hexosaminidase activity / carbohydrate derivative metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OAN / O-GlcNAcase NagJ / O-GlcNAcase NagJ
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Rao, F.V. / Dorfmueller, H.C. / Villa, F. / Allwood, M. / Eggleston, I.M. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2006
タイトル: Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
著者: Rao, F.V. / Dorfmueller, H.C. / Villa, F. / Allwood, M. / Eggleston, I.M. / van Aalten, D.M.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Non-polymer description / Other ...Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYALURONIDASE
B: HYALURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1556
ポリマ－133,3772
非ポリマー7784
水5,044280
1
A: HYALURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0422
ポリマ－66,6891
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYALURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1134
ポリマ－66,6891
非ポリマー4243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.613, 145.745, 152.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2092-

HOH

21B-2125-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYALURONIDASE


分子量: 66688.711 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 31-624 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
解説: DEOXYRIBONUCLEIC ACID FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (C. WELCHII) SIGMA (D5139)
プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q8XL08, UniProt: Q0TR53*PLUS, hyaluronoglucosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-OAN / O-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY D-GLUCOPYRANOSYLIDENE) AMINO-N-PHENYLCARBAMATE / PUGNAc / PUGNAc


分子量: 353.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19N3O7 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE CONFLICTS IN SEQADV ARE ALL VARIANTS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 30 % PEG 8000) AND 0.25 MICROLITERS OF 40 % V/V GAMMA-BUTYROLACTONE ADDED TO A 1 PLUS 1 MICROLITER DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 157 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月9日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 56462 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBI

2cbi


解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 15.357 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 31 TO 39 ARE DISORDERED AND HAVE NOT BEEN MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 562 1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 55837 93.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2--1.21 Å20 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9257 0 52 280 9589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.95812905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51451168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81425.951489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.001151601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.391536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.24603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.26533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.511.55995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32429400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.13534020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9024.53505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.389 51
Rwork0.258 4074
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3129 Å / Origin y: 20.3862 Å / Origin z: 19.1443 Å
111213212223313233
T-0.1709 Å20.099 Å20.0396 Å2--0.1183 Å20.0262 Å2---0.1052 Å2
L0.6879 °20.1819 °20.2101 °2-0.7253 °20.0863 °2--0.9218 °2
S-0.0143 Å °-0.0073 Å °-0.029 Å °-0.0346 Å °0.0087 Å °-0.0284 Å °0.1034 Å °0.1075 Å °0.0056 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 624
2X-RAY DIFFRACTION1B40 - 624
3X-RAY DIFFRACTION1A1625
4X-RAY DIFFRACTION1B1625
5X-RAY DIFFRACTION1B1626
6X-RAY DIFFRACTION1B1627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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