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- PDB-2cb8: High resolution crystal structure of liganded human L-ACBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cb8
タイトルHigh resolution crystal structure of liganded human L-ACBP
要素ACYL-COA-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT / ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN / FATTY ACID / ACETYLATION / ALTERNATIVE SPLICING / LIPID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein lipidation / benzodiazepine receptor binding / protein-lipid complex / long-chain fatty acyl-CoA binding / positive regulation of phospholipid transport / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / fatty-acyl-CoA binding / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / perinuclear endoplasmic reticulum / : ...negative regulation of protein lipidation / benzodiazepine receptor binding / protein-lipid complex / long-chain fatty acyl-CoA binding / positive regulation of phospholipid transport / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / fatty-acyl-CoA binding / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / perinuclear endoplasmic reticulum / : / fatty acid metabolic process / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-METHOXYETHANOL / TETRADECANOYL-COA / Acyl-CoA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Taskinen, J.P. / van Aalten, D.M. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2007
タイトル: High Resolution Crystal Structures of Unliganded and Liganded Human Liver Acbp Reveal a New Mode of Binding for the Acyl-Coa Ligand.
著者: Taskinen, J.P. / Van Aalten, D.M. / Knudsen, J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-COA-BINDING PROTEIN
B: ACYL-COA-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,73016
ポリマ－20,1232
非ポリマー4,60714
水5,206289
1
A: ACYL-COA-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,50610
ポリマ－10,0611
非ポリマー2,4449
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ACYL-COA-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2246
ポリマ－10,0611
非ポリマー2,1635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.490, 118.490, 118.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1095-

SO4

21A-1096-

ZN

31A-2003-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ACYL-COA-BINDING PROTEIN / ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN / ACBP / DIAZEPAM-BINDING INHIBITOR / DBI / ENDOZEPINE / EP


分子量: 10061.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07108

-
非ポリマー , 5種, 303分子

#2: 化合物
ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細BINDS MEDIUM- AND LONG-CHAIN ACYL-COA ESTERS WITH VERY HIGH AFFINITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG-MME 550, 100 MM MES, PH 6.5, 10 MM ZNSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.7453
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→19 Å / Num. obs: 54202 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.44 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→18.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.048 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1091 2 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 53111 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1390 0 154 289 1833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8662.0562231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2865173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1213873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93251410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3077787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.91410814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.237 154
Rwork0.238 7692
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1426-0.6288-0.38951.45060.36161.5414-0.0699-0.0625-0.05790.0248-0.0109-0.00460.1560.02160.08080.06410.03410.04960.06940.05780.057723.2919.84239.65
22.7976-0.065-0.12561.88260.02271.4592-0.0974-0.41080.0768-0.02840.11650.0327-0.02670.0091-0.01910.0340.0330.00390.25630.02380.03957.12231.2850.778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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