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- PDB-2cb1: Crystal Structure of O-actetyl Homoserine Sulfhydrylase From Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cb1
タイトルCrystal Structure of O-actetyl Homoserine Sulfhydrylase From Thermus Thermophilus HB8,OAH2.
要素O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE
キーワードLYASE / PLP ENZYME / SULFHYDRYLASE / HOMOSERINE / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase 2 / O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Imagawa, T. / Utsunomiya, H. / Tsuge, H. / Ebihara, A. / Kanagawa, M. / Nakagawa, N. / Kuroishi, C. / Agari, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of O-Acetyl Homoserine Sulfhydrylase
著者: Imagawa, T. / Utsunomiya, H. / Agari, Y. / Satoh, S. / Tsuge, H.
履歴
登録2005年12月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4792
ポリマ－44,2321
非ポリマー2471
水2,648147
1
A: O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE
ヘテロ分子

A: O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE
ヘテロ分子

A: O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE
ヘテロ分子

A: O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9168
ポリマ－176,9274
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area21400 Å2
ΔGint-141.4 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.986, 86.392, 156.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 O-ACETYL HOMOSERINE SULFHYDRYLASE / O-ACETYL-L-HOMOSERINE SULFHYDRYLASE


分子量: 44231.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q76K51, UniProt: Q5SJ58*PLUS, EC: 4.2.99.10
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 25853 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.95
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E5F

1e5f


解像度: 2→78.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.019 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1314 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 24539 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→78.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3059 0 15 147 3221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0281.9934269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7565402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24622.698126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31715498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2061528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4291.52082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02323185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.53131232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3074.51084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 84 -
Rwork0.201 1690 -
obs--93.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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