PDB-2cb0: Crystal structure of glucosamine 6-phosphate deaminase from Pyroc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cb0

タイトル

Crystal structure of glucosamine 6-phosphate deaminase from Pyrococcus furiosus

要素

GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE

キーワード

ISOMERASE / GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE / CHITIN DEGRADATION / ALDOSE-KETOSE ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / transaminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kim, K.J. / Kim, M.H. / Kang, B.S.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of a Novel Glucosamine-6-Phosphate Deaminase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus
著者: Kim, K.J. / Kim, M.H. / Kim, G. / Kang, B.S.

履歴

登録	2005年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cb0.cif.gz	143.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cb0.ent.gz	114.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cb0_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cb0_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	2cb0_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	2cb0_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2dec-d 3gn6-5 6r2e-1 2fs2-1 2ark-1 1h1i-2 4eb4-1 1hvy-2 2e5f-d 6n4k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE

B: GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.480, 93.890, 200.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2014- HOH
2	1	A-2093- HOH

#1: タンパク質	GLUCOSAMINE-FRUCTOSE-6-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE 分子量: 38177.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 解説: DSM 3638 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8U3U3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.91 %
結晶化	pH: 6 / 詳細: pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 40401 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→28.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 2.887 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1922	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.172	36164	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5211	0	6	290	5507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5344
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.977	7238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.75	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.392	24.017	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.484	15	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.688	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.077	1.5	3383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.437	2	5282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.548	3	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.77	4.5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.252	40
R_work	0.183	670

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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