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- PDB-2cah: STRUCTURE OF PROTEUS MIRABILIS PR CATALASE FOR THE NATIVE FORM (E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cah
タイトルSTRUCTURE OF PROTEUS MIRABILIS PR CATALASE FOR THE NATIVE FORM (E-FE(III)) COMPLEXED WITH NADPH
要素CATALASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (H2O2 ACCEPTOR) / PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gouet, P. / Jouve, H.-M. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of Proteus mirabilis PR catalase with and without bound NADPH.
著者: Gouet, P. / Jouve, H.M. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Crystal Packing of Proteus Mirabilis Pr Catalase
著者: Jouve, H.M. / Gouet, P. / Boudjada, N. / Buisson, G. / Kahn, R. / Duee, E.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: The Refined Structure of Beef Liver Catalase at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Fita, I. / Silva, A.M. / Murthy, M.R.N. / Rossmann, M.G.
履歴
登録1996年7月1日処理サイト: BNL
置き換え1997年1月11日ID: 1CAF
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0883
ポリマ－55,7261
非ポリマー1,3622
水1,67593
1
A: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,35312
ポリマ－222,9054
非ポリマー5,4488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area49300 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area55780 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.360, 112.360, 249.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-487-

HOH

21A-579-

HOH

詳細THE CATALASE OF PROTEUS MIRABILIS CRYSTALLIZES IN THE SPACE GROUP P 62 2 2 WITH ONE MONOMER PER ASYMMETRIC UNIT. THIS ENTRY GIVES THE COORDINATES OF ONE MONOMER IN THE CRYSTAL.

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要素

#1: タンパク質 CATALASE


分子量: 55726.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEROXIDE RESISTANT MUTANT / 由来: (天然) Proteus mirabilis (バクテリア) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P42321, catalase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE OXYGEN OH OF THE PROXIMAL TYROSINE 337 IS DEPROTONATED.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4-5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jouve, H.M., (1991) J.Mol.Biol., 221, 1075.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
127 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1drop
32.5 %(v/v)glycerol1drop
41 Mammonium sulfate1drop
525 mM1dropKCl
62 Mammonium sulfate1reservoir
750 mM1reservoirKCl
8100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器検出器: FILM / 日付: 1994
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→2.823 Å / Num. obs: 24337 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rsym value: 0.23 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PMC WITH NADPH AT 3.1 A RESOLUTION

解像度: 2.7→15 Å / σ(F): 2
詳細: NEW DATA FROM PROTEUS MIRABILIS PR CATALASE COMPLEXED WITH NADPH HAVE BEEN COLLECTED AT PHOTON FACTORY, TSUKUBA, JAPAN AND THE STRUCTURE IS NOW REFINED TO 2.7 RESOLUTION. THIS STRUCTURE IS ...詳細: NEW DATA FROM PROTEUS MIRABILIS PR CATALASE COMPLEXED WITH NADPH HAVE BEEN COLLECTED AT PHOTON FACTORY, TSUKUBA, JAPAN AND THE STRUCTURE IS NOW REFINED TO 2.7 RESOLUTION. THIS STRUCTURE IS SIMILAR TO THE 3.1 A RESOLUTION STRUCTURE DESCRIBED IN REFERENCE 1 OF THIS ENTRY. REFERRING TO THIS ARTICLE, IT CAN BE NOTED THAT THE NADPH IS NOW COMPLETELY DEFINED IN THE CARDS OF ELECTRON DENSITY WHILE THE WATER MOLECULE, HOH 38, DESCRIBED AS MAYBE INVOLVED IN THE OXIDATION OF NADPH TO NADP+ IS NOT OBSERVED. WATER MOLECULES HOH 82 OF COMPOUND I STRUCTURE (2CAF) AND HOH 45 OF COMPOUND II STRUCTURE (2CAG) ARE PRESENT IN EQUIVALENT POSITION AND THE PROTEIN IS LIKELY TO BIND A WATER MOLECULE AT THIS SITE. COORDINATES FOR SIDE CHAINS OF RESIDUES 81, 204, 395, 451 AND 72, 450, 473 ARE NOT OBSERVED BEYOND CARBON CB AND CG RESPECTIVELY AND MODELED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00 AND A TEMPERATURE FACTOR OF 99.99.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.196 --
obs0.196 23830 91 %
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3861 0 91 93 4045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.74 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29 934 -
obs--91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
X-RAY DIFFRACTION3PARNAH1E.DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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