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- PDB-2c97: LUMAZINE SYNTHASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS BOUND TO 4-(6- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c97
タイトルLUMAZINE SYNTHASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS BOUND TO 4-(6- chloro-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)butyl phosphate
要素6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS / INHIBITOR BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DITHIANE DIOL / Chem-JCL / : / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Morgunova, E. / Illarionov, B. / Jin, G. / Haase, I. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: Structural and Thermodynamic Insights Into the Binding Mode of Five Novel Inhibitors of Lumazine Synthase from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Morgunova, E. / Illarionov, B. / Sambaiah, T. / Haase, I. / Bacher, A. / Cushman, M. / Fischer, M. / Ladenstein, R.
履歴
登録2005年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE
B: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE
C: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE
D: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE
E: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,21338
ポリマ－81,9385
非ポリマー3,27533
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51930 Å2
ΔGint-323.5 kcal/mol
Surface area44080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.640, 82.244, 86.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1163-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE / DMRL SYNTHASE / LUMAZINE SYNTHASE / RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN


分子量: 16387.559 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
プラスミド: PNCO-MT-LS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
参照: UniProt: P66034, UniProt: P9WHE9*PLUS, riboflavin synthase

-
非ポリマー , 6種, 555分子

#2: 化合物
ChemComp-JCL / 4-(6-CHLORO-2,4-DIOXO-1,2,3,4-TETRAHYDROPYRIMIDIN-5-YL) BUTYL PHOSPHATE / JC-33


分子量: 298.617 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12ClN2O6P
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL / 1,2-ジチアン-4α,5β-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.85
検出器タイプ: MARRESEACH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 51716 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / % possible all: 71.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W19

1w19


解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.473 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.638 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-13 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1383 5 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.15 26051 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å2-2.02 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5294 0 182 522 5998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0215510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9917526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1715728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.99923.842203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38615828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0511545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.22744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5091.53640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00725809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78931880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1134.51714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.265 92
Rwork0.183 1841
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.45340.4304-0.5691.42140.35031.6777-0.01930.2011-0.0802-0.17010.03550.07720.0605-0.1307-0.0162-0.13780.0073-0.0155-0.1507-0.0348-0.1605-25.2293-12.749813.1555
21.5852-0.2815-0.28281.06640.24822.2879-0.00920.22250.1951-0.07780.02440.0948-0.3167-0.0785-0.0152-0.07040.009-0.0355-0.12120.0435-0.1438-26.35711.103312.49
32.3705-0.2732-0.79221.49770.09582.69690.02270.08560.4419-0.07250.0189-0.125-0.34950.2298-0.0416-0.0378-0.0841-0.0206-0.13870.0487-0.07-7.596819.904324.5654
42.05040.4885-0.19961.4206-0.02642.6623-0.03590.01180.00870.03370.0267-0.2337-0.03540.36360.0091-0.1743-0.043-0.014-0.10330.0199-0.10185.16731.181432.7771
52.07970.0981-0.21321.422-0.64972.23480.01310.1066-0.2241-0.059-0.0125-0.06750.23610.1826-0.0006-0.16810.0295-0.0015-0.1367-0.0312-0.1097-5.7541-19.109625.6613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 160
2X-RAY DIFFRACTION1A701
3X-RAY DIFFRACTION1A1161 - 1164
4X-RAY DIFFRACTION2B15 - 160
5X-RAY DIFFRACTION2B701
6X-RAY DIFFRACTION2B1161 - 1164
7X-RAY DIFFRACTION3C15 - 160
8X-RAY DIFFRACTION3C701
9X-RAY DIFFRACTION3C1161 - 1164
10X-RAY DIFFRACTION4D15 - 160
11X-RAY DIFFRACTION4D701
12X-RAY DIFFRACTION4D1161 - 1162
13X-RAY DIFFRACTION5E15 - 160
14X-RAY DIFFRACTION5E701
15X-RAY DIFFRACTION5E1161 - 1163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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