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- PDB-2c8m: Structure of protein Ta0514, putative lipoate protein ligase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c8m
タイトルStructure of protein Ta0514, putative lipoate protein ligase from T. acidophilum with bound lipoic acid
要素LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
キーワードLIGASE / LIPOYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoate-protein ligase / lipoate-protein ligase activity / lipoic acid binding / protein lipoylation / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIPOIC ACID / Lipoate-protein ligase A subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOPLASMA ACIDOPHILUM (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者McManus, E. / Perham, R.N. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of a Putative Lipoate Protein Ligase from Thermoplasma Acidophilum and the Mechanism of Target Selection for Post-Translational Modification.
著者: Mcmanus, E. / Luisi, B.F. / Perham, R.N.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
B: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
C: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
D: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4868
ポリマ－119,6614
非ポリマー8254
水8,719484
1
A: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－29,9151
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－29,9151
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－29,9151
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: LIPOATE-PROTEIN LIGASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－29,9151
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.377, 117.882, 105.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113B1 - 256
2113A1 - 256
1124C1 - 256
2124A1 - 256
1134D1 - 256
2134A1 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
LIPOATE-PROTEIN LIGASE A


分子量: 29915.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOPLASMA ACIDOPHILUM (好酸性) / 株: DSM 1728 / プラスミド: PET 3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HKT1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-LPA / LIPOIC ACID / 5-[(3R)-1,2-dithiolan-3-yl]pentanoic acid


分子量: 206.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: pH 6.70

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.54
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→53.3 Å / Num. obs: 97539 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C7I

2c7i


解像度: 1.89→53.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.152 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY FOR WHICH B-FACTORS HAVE BEEN REFINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 5132 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 97539 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→53.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7510 0 48 484 8042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0217368
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0951.959874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3165965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9523.946294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.716151147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5941547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2670.23369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.25119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.4750.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5350.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9931.54909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61927551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.46432792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9424.52323
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B944tight positional0.120.05
2C1719medium positional0.310.5
3D1631medium positional0.30.5
1B844loose positional0.395
1B944tight thermal0.970.5
2C1719medium thermal5.162
3D1631medium thermal6.172
1B844loose thermal2.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 340
Rwork0.307 6738
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4227-0.16920.04530.68670.0580.4059-0.0286-0.01660.0343-0.0257-0.0158-0.0159-0.0356-0.02130.0444-0.0493-0.0025-0.0082-0.0299-0.0230.0171-10.9839-8.3058-5.5904
20.32420.2368-0.05041.5717-0.02290.2908-0.02210.0160.00080.0509-0.0256-0.0138-0.01970.01440.0477-0.06610.00070.0069-0.0011-0.0085-0.01376.92415.35798.8885
30.4826-0.38020.3771.2682-0.34871.28390.07320.05110.0792-0.12980.00380.08780.077-0.0098-0.0770.02630.02070.00010.00190.0777-0.1159-18.9721-4.4326-41.5365
40.6011-0.11770.16691.5150.46531.4803-0.05080.0356-0.0907-0.0314-0.13360.015-0.0555-0.28370.18440.05250.0450.04160.0418-0.0656-0.1735-16.8954-41.1275-43.6638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 256
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 256
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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