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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c7y | ||||||
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タイトル | plant enzyme | ||||||
要素 | 3-KETOACYL-COA THIOLASE 2チオラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / FATTY ACID METABOLISM / OXYLIPIN SYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS (脂質代謝) / ACYLTRANSFERASE (アシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyoxysome organization / グリオキシソーム / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / acetyl-CoA C-acyltransferase / jasmonic acid biosynthetic process / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / oxylipin biosynthetic process / plant-type vacuole / fatty acid beta-oxidation / response to wounding ...glyoxysome organization / グリオキシソーム / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / acetyl-CoA C-acyltransferase / jasmonic acid biosynthetic process / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / oxylipin biosynthetic process / plant-type vacuole / fatty acid beta-oxidation / response to wounding / ペルオキシソーム / 核小体 / 小胞体 / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sundaramoorthy, R. / Micossi, E. / Alphey, M.S. / Germain, V. / Bryce, J.H. / Smith, S.M. / Leonard, G.A. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: The Crystal Structure of a Plant 3-Ketoacyl-Coa Thiolase Reveals the Potential for Redox Control of Peroxisomal Fatty Acid Beta-Oxidation. 著者: Sundaramoorthy, R. / Micossi, E. / Alphey, M.S. / Germain, V. / Bryce, J.H. / Smith, S.M. / Leonard, G.A. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c7y.cif.gz | 164.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c7y.ent.gz | 129.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c7y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/2c7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/2c7y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9967, 0.0097, 0.08014), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42265.398 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 38-441 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9S7M3, UniProt: Q56WD9*PLUS, acetyl-CoA C-acyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | pH: 7.7 詳細: 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 300MM MGCL2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→29.2 Å / Num. obs: 44287 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 80.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AFW 解像度: 2.1→29.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 17.624 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS WITH NO DIFFERENCE DENSITY HAVE BEEN LEFT OUT. NON DEFINED SIDE CHAINS ARE MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.44 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.21 Å
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拘束条件 |
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