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- PDB-2c7b: The Crystal Structure of EstE1, a New Thermophilic and Thermostab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7b
タイトルThe Crystal Structure of EstE1, a New Thermophilic and Thermostable Carboxylesterase Cloned from a Metagenomic Library
要素CARBOXYLESTERASE
キーワードHYDROLASE / CARBOXYESTERASE / THERMOPHILIC ENZYME / HSL / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylesterase / carboxylesterase activity
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種UNCULTURED ARCHAEON (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Byun, J.-S. / Rhee, J.-K. / Kim, D.-U. / Oh, J.-W. / Cho, H.-S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Hyperthermophilic Esterase Este1 and the Relationship between its Dimerization and Thermostability Properties.
著者: Byun, J.-S. / Rhee, J.-K. / Kim, N.D. / Yoon, J. / Kim, D.-U. / Koh, E. / Oh, J.-W. / Cho, H.-S.
履歴
登録2005年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYLESTERASE
B: CARBOXYLESTERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1162
ポリマ－68,1162
非ポリマー00
水2,486138
1
A: CARBOXYLESTERASE
B: CARBOXYLESTERASE

A: CARBOXYLESTERASE
B: CARBOXYLESTERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2334
ポリマ－136,2334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.710, 73.710, 234.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYLESTERASE / ESTE1


分子量: 34058.164 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA-BETA HYDROLASE FOLD, RESIDUES 1-311 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) UNCULTURED ARCHAEON (環境試料) / 解説: METAGENOMES FROM THERMAL ENVIRONMENTAL SAMPLES / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5G935, carboxylesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS PH6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 35%(W/V) PEG 3350, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1
検出器タイプ: BRUKER AXS / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 29848 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 2721 3.8 %RANDOM
Rwork0.2338 ---
obs0.2338 54674 76.1 %-
溶媒の処理Bsol: 40.3777 Å2 / ksol: 0.363934 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.777 Å20 Å20 Å2
2---2.777 Å20 Å2
3---5.554 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4469 0 0 138 4607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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