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- PDB-2c6y: Crystal structure of interleukin enhancer-binding factor 1 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c6y
タイトルCrystal structure of interleukin enhancer-binding factor 1 bound to DNA
要素
  • (INTERLEUKIN 2 PROMOTOR) x 2
  • FORKHEAD BOX PROTEIN K2
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING DOMAIN / FORKHEAD TRANSCRIPTION FACTORS / INTERLEUKIN ENHANCER BINDING FACTOR / WINGED HELIX / FORKHEAD
機能・相同性
機能・相同性情報


canonical glycolysis / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / UCH proteinases / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...canonical glycolysis / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / UCH proteinases / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein K2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tsai, K.-L. / Huang, C.-Y. / Chang, C.-H. / Sun, Y.-J. / Chuang, W.-J. / Hsiao, C.-D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Human Foxk1A-DNA Complex and its Implications on the Diverse Binding Specificity of Winged Helix/Forkhead Proteins.
著者: Tsai, K.-L. / Huang, C.-Y. / Chang, C.-H. / Sun, Y.-J. / Chuang, W.-J. / Hsiao, C.-D.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORKHEAD BOX PROTEIN K2
B: FORKHEAD BOX PROTEIN K2
C: INTERLEUKIN 2 PROMOTOR
D: INTERLEUKIN 2 PROMOTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4666
ポリマ－35,4174
非ポリマー492
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.736, 58.736, 324.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 FORKHEAD BOX PROTEIN K2 / INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 1 / CELLULAR TRANSCRIPTION FACTOR ILF-1


分子量: 12812.529 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 251-348 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01167
#2: DNA鎖 INTERLEUKIN 2 PROMOTOR


分子量: 4905.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP* TP*AP*CP*A)-3'
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: DNA鎖 INTERLEUKIN 2 PROMOTOR


分子量: 4887.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP* CP*AP*AP*C)-3'
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE NUMBER BEFORE 1 IS T7 TAG. THE T7 TAGS IN BOTH CHAIN A AND B ARE DISORDERED, AND NOT ...RESIDUE NUMBER BEFORE 1 IS T7 TAG. THE T7 TAGS IN BOTH CHAIN A AND B ARE DISORDERED, AND NOT DETERMINED IN THE MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17B2 / 波長: 1.12714
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.44 Å / Num. obs: 12691 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 45.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 577606.57 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUE 96-98 IN CHAIN B ARE DISORDERED, AND NOT DETERMINED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1284 10.1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 12691 90.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.5238 Å2 / ksol: 0.430544 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å212.77 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1607 650 2 225 2484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.62.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 163 9.8 %
Rwork0.308 1493 -
obs--72.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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