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- PDB-2c62: Crystal Structure of the Human Transcription Cofactor PC4 in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c62
タイトルCrystal Structure of the Human Transcription Cofactor PC4 in Complex with Single-Stranded DNA
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
  • ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION COFACTOR / SINGLE-STRANDED DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA UNWINDING / ACTIVATOR / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA metabolic process / negative regulation of DNA duplex unwinding / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus ...negative regulation of DNA metabolic process / negative regulation of DNA duplex unwinding / RNA polymerase II promoter clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / single-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Werten, S. / Moras, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Global Transcription Cofactor Bound to Juxtaposed Strands of Unwound DNA
著者: Werten, S. / Moras, D.
履歴
登録2005年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15
B: ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15
C: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8245
ポリマ－21,6323
非ポリマー1922
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.242, 67.242, 131.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE BIOLOGICALLY RELEVANT STATE OF THE MOLECULE ISTHE CONTENTS OF THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 ACTIVATED RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR P15 / PC4 / POSITIVE COFACTOR 4 / P14


分子量: 7784.024 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL SSDNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 62-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL ALA RESIDUE RESULTS FROM VECTOR SEQUENCE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53999
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP *TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*G)-3'


分子量: 6063.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GENERAL COACTIVATOR THAT FUNCTIONS IN COOPERATION WITH TAFS AND MEDIATES FUNCTIONAL INTERACTIONS ...GENERAL COACTIVATOR THAT FUNCTIONS IN COOPERATION WITH TAFS AND MEDIATES FUNCTIONAL INTERACTIONS BETWEEN UPSTREAM ACTIVATORS AND THE GENERAL TRANSCRIPTIONAL MACHINERY
配列の詳細C-TERMINAL DOMAIN ONLY, PRECEEDED BY ALA FROM EXPRESSION VECTOR SEQUENCE SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化pH: 6.75 / 詳細: 0.1 M ADA PH 6.75, 1.9 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月20日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→20 Å / Num. obs: 31658 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5.43 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PCF, CHAINS A AND B

1pcf


解像度: 1.74→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1346476 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1489 4.9 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 30178 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.429 Å2 / ksol: 0.363232 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1090 323 10 176 1599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.342.5
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 129 5.1 %
Rwork0.31 2384 -
obs--80.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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