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- PDB-2c4c: Crystal structure of the NADPH-treated monooxygenase domain of MICAL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c4c
タイトルCrystal structure of the NADPH-treated monooxygenase domain of MICAL
要素NEDD9-INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
キーワードTRANSPORT / CYTOSKELETON / FAD / FLAVOPROTEIN / LIM DOMAIN / METAL-BINDING / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hippocampal mossy fiber expansion / NADPH oxidase H202-forming activity / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / intercellular bridge ...hippocampal mossy fiber expansion / NADPH oxidase H202-forming activity / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / intercellular bridge / negative regulation of protein phosphorylation / : / FAD binding / monooxygenase activity / actin filament / SH3 domain binding / small GTPase binding / actin binding / midbody / endosome membrane / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / LIM zinc-binding domain signature. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain ...bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / LIM zinc-binding domain signature. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [F-actin]-monooxygenase MICAL1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Siebold, C. / Berrow, N. / Walter, T.S. / Harlos, K. / Owens, R.J. / Terman, J.R. / Stuart, D.I. / Kolodkin, A.L. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: High-Resolution Structure of the Catalytic Region of Mical (Molecule Interacting with Casl), a Multidomain Flavoenzyme-Signaling Molecule.
著者: Siebold, C. / Berrow, N. / Walter, T.S. / Harlos, K. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Terman, J.R. / Kolodkin, A.L. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2005年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD9-INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
B: NEDD9-INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1176
ポリマ－110,4752
非ポリマー1,6424
水72140
1
A: NEDD9-INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0583
ポリマ－55,2371
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NEDD9-INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0583
ポリマ－55,2371
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.709, 89.915, 83.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9898, 0.13988, 0.02689), (0.14164, 0.98655, 0.08161), (-0.01511, 0.08458, -0.9963)
ベクター: 92.5197, -8.03004, 36.14296)

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要素

#1: タンパク質 NEDD9-INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS / MICAL / MOLECULE INTERACTING WITH CASL PROTEIN 1


分子量: 55237.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VDP3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 25263 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 51.871 / SU ML: 0.485 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.517 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.246 21557 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 80.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5 Å20 Å2-7.37 Å2
2--4.38 Å20 Å2
3----5.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7442 0 108 40 7590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0151.97910526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.14923.468346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.119151284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6121558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.23586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.25236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1851.54837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.33327537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.29733353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5274.52989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.338 77
Rwork0.34 1560
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5628-0.45972.35642.37611.01437.5840.2166-0.4235-0.11320.12090.06790.00890.4945-0.2666-0.2846-0.2382-0.179-0.0223-0.64290.1242-0.356755.75523.63547.298
26.08450.06031.63284.66830.132212.555-0.0081-0.15390.7568-0.3837-0.48690.7996-0.6942-1.64650.4950.01690.2514-0.18760.1519-0.00630.131830.41338.50334.417
37.5980.64690.3212.67691.07019.05290.79670.6158-1.1495-0.1869-0.23720.20891.5283-0.5077-0.55960.1892-0.1857-0.28-0.5848-0.0353-0.087751.4299.46533.987
45.21280.40642.04322.14-0.39775.33690.1320.4408-0.0138-0.22390.2408-0.050.41540.2967-0.3728-0.2240.0339-0.0062-0.6217-0.0548-0.354941.90927-9.784
55.5215-0.04351.48664.0639-1.352413.40750.00770.66110.23040.19440.0037-0.6411-0.52252.5332-0.0113-0.0786-0.1231-0.05170.3089-0.1602-0.014869.20636.3984.467
66.3841-0.44711.11193.7036-0.46064.80990.8172-0.5477-0.95870.15490.1303-0.10991.07640.1777-0.94740.0757-0.0261-0.2815-0.57150.0482-0.148543.8811.4342.243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2A237 - 369
3X-RAY DIFFRACTION3A370 - 487
4X-RAY DIFFRACTION4B7 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5B237 - 369
6X-RAY DIFFRACTION6B370 - 487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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